公元403年12月，桓玄称帝，国号“楚”，史称“桓楚”。公元404年3月，刘裕正式起兵，离桓楚立国仅八十天。
刘裕先召集了一千七百多北府散兵，一举拿下京口。随后何无忌向刘裕举荐了刘穆之，职务是主簿，跟曹操身边的杨修一样。可干的活却跟荀彧一样，除了全盘打理，兼职大局规划，成了刘裕的第一谋臣。
有了高智商幕僚，十年后啥样都看的清清楚楚，对付眼前都整不明白的桓玄，成败一目了然。而且，还有打配合的刘毅，同时拿下了江北的广陵。
听说刘裕起兵，桓玄除了惊慌，就是发懵。佞臣赶紧拍马屁：“刘裕那点兵，成不了气候，陛下不必担心。” 桓玄还算清醒：“刘毅家里没多少储备，都愿意凑出百万支持，又有那么多猛人响应，怎么说不会成功呢？”
桓玄忌惮刘裕，都表现在面上，身边人看了，全是跟着胆怯。勾搭着几万精兵转眼成了怯兵。桓玄没办法，硬着头皮派人去阻击，只几个回合猛将就被刘裕砍死。桓玄更慌了，兔子腿一蹬，逃向老巢江陵，临走还不忘带上傻子皇帝。
刘裕攻下建康，安排刘毅和何无忌继续追击，自己留下收拾残局。等追到江陵，桓玄又筹集了两万兵马，在江面上设垒拦截。桓玄自己划着小船，在垒后边练习逃跑，这操作，坑苦了一群卖命的兵。
眼看桓玄船高兵多，又处上游，刘毅没敢贸然进攻。偏巧是五月份，逆风，刘毅就用火攻。跟火烧赤壁一样，小船载着大火，风随便一吹，就逆水去撞大船。
桓玄跟曹操一样，大败而逃，但没曹操逃那么远，因为桓玄身后就是江陵。等逃回城里，大街上已经乱了套。
桓玄赶紧再出城，身边跟着一百多心腹，等到城门口，就有一半不忠心了，有个心腹突然就举刀砍桓玄，幸亏躲得快，没砍着。好在还有些忠心护主的，于是两边互相砍，桓玄也顾不上了，赶紧溜。本来打算躲去川蜀，半道上就被砍了。
桓玄死后，刘毅占了江陵，还捡了个皇帝。桓玄逃的急，没顾上，把皇上司马德宗丢在了江陵。刘毅向来不服刘裕，干脆先给司马德宗复位，好抢了这头功，再等朝廷迎接皇上还朝。
可随后又把头功给丢了，由于太兴奋，防守没做好，被桓家钻了空子。桓家也没想钻这空子，纯粹是被忽悠的。本来家族被打散了，几个猛人躲的好好的，桓玄心腹为了报仇，给桓振送了份假情报。说刘毅被打退了，江陵还在桓家手里，为了防止反扑，要桓振带人去增援。桓振大手一挥，上千人就跟着去了。
桓谦正躲在暗处盯着，看见桓振动手，就带兵去增援。桓振是个猛人，又趁晚上搞偷袭，刘毅措手不及，撒腿就跑，江陵和皇上一块丢给了桓振。
桓振不稀罕皇上，差点给砍了，幸亏桓谦拦住。随后桓振又给桓楚复国，以江陵为国都，桓振成了第二代国君，司马德宗复位一个月，又换朝代了。
刘毅丢了皇上，只好戴罪立功，回头去抢，可根本打不过桓振，于是双方形成对峙。
桓振嗜酒，除非烂醉才有机会输，刘毅跟撞天婚似的隔三差五去叫阵，可都碰不到点上，耗了半年多，才逮着机会。
公元405年正月，桓振醉醺醺出战，动作慢了半拍，几下就被砍了。桓谦是文化人，不玩愣的，丢下皇上，逃去了后秦。桓楚从公元403年岁末到公元405年正月，前后一年多，给面子的说法是三年。
“桓楚”存续时间很短，但意义很大，是一次重要的历史过渡。等到刘裕掌权，社会结构发生了很大变化，最明显的变化是政府结构和土地政策。由于桓玄只会搅局，不会清洗盘口，所以刘裕掌权后，不敢直接称帝，运作了十几年，才成功上位。
《增广贤文》上说：“自古英雄多炼狱,从来富贵入凡尘”，可怜桓玄，既缺少历练，又贪恋富贵，是个十足的公子哥。
虽然很聪明，可格局小，目光短，也限制了聪明的范围。等到掌控全国，面对庞大又陌生的局面，脑子都理不清头绪，更谈不上智慧。
桓温一辈子都没敢称帝，刘裕耗了十几年才敢称帝，桓玄进建康到称帝就用了一年，注定了结局的悲哀。还是刘裕那句话：“天下，不是你能玩的！”
公元405年正月，刘裕把皇帝司马德宗接回建康，再次给东晋复国。这回，刘裕成了护国重臣。这只草窠里飞出的凤凰，带着原始的野性，历经磨难，志向高远，不像桓玄那么自负，也不像司马元显那么腐败。刘裕向来不拘小节，不被眼前的小成就牵绊，目标是吞吐天地，所以得继续飞，毕竟离曹操所说的英雄还差老远。
这次，刘裕飞出了国门，派使者去后秦，索要淮北十二郡，东晋的地盘，被后秦顺走的。当初，淮北兵力都回去围剿桓玄，边防空虚，姚兴趁机抢占了这十二郡，还没捂热，就被人追上门来要。刘裕也有气魄，不动兵戈，直接要，这叫先礼后兵。
姚兴找群臣商量，集体反对，毕竟后秦是大国，鸭子和面子都很重要。但姚兴另有看法：“刘裕是枭雄，灭孙恩，除桓玄，我愿意锦上添花，送他这个人情。”
英雄相惜，听着感人，其实姚兴有不得已的苦衷，陇西蠢蠢欲动，北魏虎视眈眈，刘裕又是光脚，惹急了还是自己吃亏。这些，刘裕也能看到。就这样，刚下锅的鸭子又还给了东晋。
就凭姚兴这气量，刘裕也不敢小视，况且，不战而屈人之兵，见好就收，刘裕心满意足的搞起了内政。这些年家底被司马元显和桓玄败光了，需要休养生息。
刘裕是底层爬上来的，知道贵族的损招，所以给土地政策动了个大手术，彻底结束了豪门圈地的游戏。只可惜种树水平欠缺，没招来几个凤凰，刘裕也是唯才是用，可招才的功夫赶不上曹操。几年下来，有吃有喝，就是缺帮手。
公元409年，兵精粮足的刘裕，开始厉兵秣马，剑指南燕。此时的南燕占据山东青州一带，皇帝慕容超是个\\\"燕二世”，跟桓玄一个水平，挺聪明，可惜目光短，又自负，超出见识就只会抓瞎。
南燕的开国皇帝是慕容德，当初慕容德镇守邺城，碰上拓跋珪横扫河北，慕容德扛不住，只好让出邺城，到河南的滑台安家，自称燕王，建立了南燕。不久之后，收留了前秦溃将苻广，安置在城外的乞活堡。
苻广欲望太强，站稳脚跟后，开始收买人心，想要造反。慕容德亲自挂帅，出城去平叛，等砍了苻广回来，滑台丢了。城里也有人造反，趁慕容德不在，城池让给了北魏。
倒霉的慕容德，出趟差，国家没了。想夺城池，又干不过北魏，只好在外边飘着。好歹没飘出地球，比后世那个苏联宇航员幸运多了。苏联航天员谢尔盖?克里卡列夫，去了趟天宫，还没回来国家就没了，没办法，只好待在天宫，三百多天后才回来。这么对比，慕容德还算幸运。幸运的慕容德四处瞅瞅，就山东的青州防守比较弱，干脆抢过来。