刘裕进到长安，心里很不踏实。关中胡汉杂居，人心不服，况且旁边还有个赫连勃勃和北魏，想站稳脚跟，没那么容易。于是，刘裕考虑迁都洛阳，提议一出，被王仲德拦回去了：“等平定天下后才能考虑迁都，现在周边都是强敌，怎么能迁都呢？” 刘裕打消了迁都的念头。
当年桓温也打算迁都，被一群士族大佬拦住了，现在，刘裕的迁都念头也被拦住了，到底谁对谁错，很难说清楚。
后世的朱元璋，没迁都照样平定天下，可到了儿子朱棣手里，主张天子戍边，硬是把京城迁到了北京，还创出个永乐盛世。本来朱元璋也考虑过迁都，还专门让太子朱标去长安考察过，可朱标回南京后就把命丢了，朱元璋觉得关中帝王气太重，怕自己镇不住，就打消了迁都的念头。
但刘裕跟朱元璋不一样，朱元璋的劲敌在南方，元朝是没落王朝，不经打。而刘裕的劲敌在北方，况且胡汉杂居，没有群众基础。刘裕身边又没有十三太保，哪场仗不得自己出面。所以，刘裕想平定天下，迁都是上策。
王仲德的想法是战略思维，此时的刘裕已经五十五岁，迁都之后儿子能不能扛住是关键，如果能力不够，充其量也就是个亡国之君。儿子啥德性刘裕很清楚，所以打消了迁都念头。
接下来怎么料理长安，是个头疼的问题，要有个王猛该多好。这想法当年汉文帝也有，结果被人怼回去了。汉文帝说：“我身边要是有个李牧该多好啊！” 冯唐就没给皇帝面子：“就算有个李牧站到你面前，你也不认识。”
意思很明显，李牧是千里马，但你汉文帝不是伯乐。有句成语叫做“冯唐易老，李广难封！” 就凭这句话，冯唐史上留名。
现在刘裕也感叹，可没人敢怼，刘裕没汉文帝那胸襟，会计较。感叹之后，刘裕挽起袖子自己干，首先是跟邻国搞好关系。北魏是没戏了，刚把人收拾完。大夏还能处一处，毕竟没摩擦。于是，刘裕写封信派人送去，想跟赫连勃勃套近乎。
赫连勃勃是匈奴的底子，面笑心不笑，读完信就答应了。随后玩个小花招，让人先写好回信，赫连勃勃背了一晚上，第二天再给使臣背一遍，主簿在旁边抄录。使臣回去告诉刘裕：“都是赫连勃勃的原话，一气呵成，是个牛人！” 刘裕看完信，感叹地说：“赫连勃勃文武全才，我不如他！”
赫连勃勃不但文武全才，还是个口蜜腹剑。送走使臣，赫连勃勃就撩起了狐狸尾巴，给属下说出了心里话：“刘裕的心根本不在长安，灭后秦只是为了捞成绩，回头就得回去抢皇位。到时候，我取长安易如反掌。”
英雄所见略同，北魏也是这看法，拓跋嗣问幕僚：“刘裕和慕容垂谁厉害？” 幕僚回答：“当然刘裕厉害，慕容垂几代皇族，有这个招牌，只需振臂一呼，大家都来依附。刘裕是个草根，振臂一呼，最多呼个寂寞，能有今天的地位，全凭个人努力。”
拓跋嗣又问：“趁刘裕远在长安，我想攻打寿春，行不行？” 幕僚回答：“肯定不行，刘裕目标是皇位，不是长安，所以很快会回建康。” 寿春在淝水边上，离建康很近。拓跋嗣是个稳当人，刚挨过揍，于是放弃想法。
两边都是乌鸦嘴，刚预测完，刘裕就回建康了。纯粹是逼不得已，留在建康的代言人刘穆之突然病逝，朝廷里没个心腹，很容易出乱子。上回去趟越南，就膨胀个刘毅，教训够惨，刘裕不敢大意。
临行前，给长安配了最强阵容，北伐主力几乎都留在长安，可惜配了个菜鸟领导，让十一岁的儿子刘义真当头。
文臣王修主管行政，武将王镇恶主管军事。沈田子去找刘裕：“王镇恶是关中人，百姓都对他有好感，如果有异心怎么办？” 刘裕说：“三个臭皮匠顶个诸葛亮，你们有十几个臭皮匠，还怕对付不了他。”
公元418年正月，赫连勃勃举全国之力攻打关中。王镇恶出兵抵抗，令沈田子做先锋。沈田子为避夏军锋芒，退守刘回堡，王镇恶强行命令出击。沈田子也是个有勇有谋的能人，当初兵出蓝田，以一千精兵打垮姚泓两万军队，本想一鼓作气拿下长安，沈林子赶紧拦下，对他说：“现在攻取长安，易如反掌。但这相当于独自灭掉一个国家，这可是不赏之功，不是什么好事。” 沈田子听从建议，来个蜗牛爬，这才被王镇恶抢了头功。本就心里不服，这会又挨训，心里更憋屈，于是趁王镇恶巡视，直接诱杀王镇恶。
杀了领导，又是主帅，得回长安解释，不然就是造反。可编故事水平不行，咋说王修都不信，又把沈田子砍了。王修做事太原则，平时没少得罪刘义真身边的小人，趁这机会，一群跟班又教唆刘义真砍了王修。
文臣武将砍完了，军队不扛揍，刘义真把所有军队都调回长安固守。可军心散了，根本守不住，刘义真干脆逃跑，临走抢了好几车珍宝美女，彻底把关中百姓激怒了。
消息传到建康，刘裕赶紧派朱龄石去援救，关中百姓不买账，帮着夏军，朱龄石命也丢了。最终，刘义真孤身逃回建康，财宝美女都没敢要，晋军全军覆没。
虽然关中丢给了赫连勃勃，但河南归了东晋，这次伐秦功劳显着，刘裕被晋升为宋王。
公元419年1月，刘裕派王韶之勒死了皇帝司马德宗，随后拥司马德文继位。司马德文是司马德宗的弟弟，但不是傻子，是个正常人。可惜跟司马休之一样，打过不少仗，只是从没赢过。在刘裕手里，也就是个傀儡皇帝。
刘裕既要皇位，又要名声，想让司马德文禅让。可又不好意思开口，就想个招，在安徽的寿阳摆宴，把管事的大臣都请来，然后举杯致辞：“桓玄篡位时，已经换了朝代，是我第一个反抗，又复兴了皇室。后来又南征北战，立了不少战功，才得了这份殊荣，现在我老了，还挂着这个殊荣，心里很不踏实，就想把爵位还给朝廷，然后告老还乡。”
一群酒肉大臣都没明白，就觉得刘裕境界高，刘裕得多憋屈，明天还得再摆宴，这群吃货。散席后，刘裕待房间里睡不着，正郁闷，就有人敲门。傅亮突然想明白了，就来找刘裕。俩人都没说破，傅亮说：“我有点急事，想回趟京城。” 刘裕说：“天这么晚了，我派兵护送。” 没几天，朝廷就传旨召刘裕进京。
公元420年，晋恭帝司马德文禅让帝位，刘裕建立新朝，国号“宋”，史称“刘宋”。延续一百多年的两晋正式宣告灭亡，随后，司马德文被降为零陵王，迁居到秣陵。
刘裕不像曹丕和司马炎，自己根基不稳，朝臣大多都是东晋的原班人马，司马德文留着就是隐患，得除掉才行。为了名声，只能暗杀，于是派张伟带上毒酒去犒劳。张伟是旧臣，不忍心谋害旧主，半道上自己把酒喝了。
刘裕想派人暗杀，可司马德文也害怕，天天跟皇后待在一起，找不着下手机会，因为皇后是太子刘义符的岳母，况且皇后的两个哥哥都投靠了刘裕，不能杀皇后。于是就让皇后的哥哥去探访，把皇后骗到侧室，刺客再进卧房行刺，司马德文毙命，东晋香火断绝，南朝宋率先进入南北朝。