元朝后期，以蒙古族贵族为主的统治阶级，对各族特别是汉族人民的掠夺和奴役十分残酷。
他们疯狂地兼并土地，把广阔的良田变为牧场，大臣伯颜得赏赐土地就达2万顷。大地主广占土地，“驱役佃户”。
农民失去土地沦为奴隶。官府横征暴敛，苛捐杂税名目繁多，全国税额比元初增加20倍。
元朝统治者挥霍无度，到处搜罗民间财宝美女，天天供佛炼丹。政府财政入不敷出，滥发货币，祸国殃民。加上黄河连年失修，多次决口，真是民不聊生，出现了流民“死者已满路，生者与鬼邻”的悲惨局面。反抗的烈火在人民心中燃起。社会上流传着“一日三遍打，不反待如何”的歌谣。
这首歌谣出自黄溥的《闲中今古录》：“元到末年，数当乱，任非其人，酷刑横敛。台温处之民，树旗村落云云。由是谋反者各起。黄岩方谷珍因而肇乱江淮，红巾遍四方矣。”
它是元末社会矛盾激化、人民奋起反抗的一个缩影，表达了人民对自由和美好生活的渴望，以及对压迫和不公的坚决抗争。
至正四年（1344年）黄河曾多次决堤，其中一次黄河暴溢，北决白茅堤、金堤（今河南兰考东北）。沿河州郡先遇水灾，又遭旱灾、瘟疫，灾区人民死者过半。黄河决堤后，冲坏山东盐场，严重影响元朝政府的国库收入。
山东盐业生产有着较好的基础，沿海各地依据自然条件而兴建各类盐场，采用传统的煎制方式获取海盐，取得了较好的经济效益。
元王朝加大了这一区域的盐业开发力度，不断在山东海滨开辟新的盐场，提高食盐产量。但由于黄河决堤，冲坏山东盐场，导致“盐场废毁接近半数，坨存盐全部倒入河海”。
还影响了漕运，威胁了河北、山东盐场，同时，水灾、旱灾、瘟疫等灾害的发生，也使得灾区人民死者过半，社会经济遭到严重破坏。
贾鲁为工部尚书、总治河防使，强征民工15万人开凿两百八十里新河道，使黄河东去，合淮河入海，时紧工迫，监督挖河的官吏乘机克扣河工“食钱”。
正十一年底，元顺帝又变更钞法，滥发纸币，物价飞腾，引起通货膨胀，最后到了“皆以物货相贸易。公私所积之钞，遂惧不行”。“开河”和“变钞”促使元末社会矛盾进一步激化。
贾鲁开河后，北方白莲教首领韩山童及其教友刘福通等发动武装起义，宣传“弥勒下生”、“明王出世”，散布民谣“石人一只眼，挑动黄河天下反”，并暗地里凿了一个独眼石人，埋在即将挖掘的黄陵岗附近河道上。独眼石人挖出后，河工们惊诧不已，消息传出，大河南北，反抗的烈火顿时燃起。
刘福通是颍州（今安徽界首）人，韩山童是河北永年人。两人一直在北方地区秘密传教，石人挖出，时机已经成熟。至正十一年五月初，韩山童、刘福通聚众三千人于颍州颍上，杀黑牛白马，誓告天地，准备起义。
刘福通宣称韩山童为宋徽宗八世孙，当为中国主，并自称南宋名将刘光世后代，当辅之。韩山童发布文告，打出“虎贲三千，直抵幽燕之地；
龙飞九五，重开大宋之天”的战旗，表示推翻元朝，恢复大宋的决心。这次起义因事前泄密，遭到官府的围剿，韩山童牺牲。
其妻杨氏、子韩林儿逃到武安（今江苏徐州）。刘福通突围后把起义群众组织起来，一举攻克颍州（今安徽阜阳）。因起义军头裹红巾，故称“红巾军”；
起义军多为白莲教徒，烧香拜佛，故又称香军。红巾军占领颍州后，元廷遣枢密院同知赫厮、秃赤率阿速军及各路汉军前往镇压，被红巾军击败。接着，红巾军占领亳州、项城、朱皋。九月，克汝宁府，又克息州、光州，人数已达十余万。
“众至十余万，元兵不能御。”当时社会上流传着这样一首诗：“天遣魔军杀不平，不平人杀不平人，不平人杀不平者，杀尽不平方太平。”
反映了元朝统治下的阶级对立和民族压迫的社会现实，红巾军所到之处，开仓散米，赈济贫农，深得人民拥护。群众纷纷加入红巾军，队伍迅速扩大到几十万人。
在红巾军的影响下，全国各地农民纷起响应。人数较多的有蕲水（今湖北浠水）的徐寿辉部、萧县（今属安徽）的芝麻李部、南阳（今属河南）的布王三部、荆樊的孟海马部、濠州（今安徽凤阳）的郭子兴部等。
为推翻元朝的反动统治，起义军提出以“明”斗“暗”（“明”指起义军；“暗”指元朝统治）的口号，鼓舞群众向封建官府作斗争。
北方红巾军从(1355年) 开始主动出击。刘福通将韩林儿迎至亳州（今今属安徽），立韩林儿为“小明王”，国号“大宋”，年号“龙凤”，建立了北方红巾军政权。刘福通任枢密院平章，不久，任丞相。
明朝时人认为是宋朝仁政遗德所致。后移都河南汴梁。红巾军坚持战斗十二年之久，从根本上动摇了元朝政权，为后来明朝的建立打下基础。
1357年，刘福通分兵三路北伐。东路由毛贵率领，经山东、河北进攻大都；中路由关铎、潘诚等率领，攻向山西、河北一带，经大同直捣元上都（今内蒙古多伦西北），放火烧毁“富夸塞北”的蒙古皇宫，继续转战辽东各地；西路由大刀敖、白不信、李喜喜率领，直趋关中，攻下兴元（今陕西南郑县）、凤翔（今陕西凤翔县），转战四川、甘肃、宁夏各地。农民起义军节节胜利，出现“官府四散躲”，“红军府上坐”的大好形势。
在三路大军北伐的同时，刘福通也开始出击。至正十八年（1358年）五月，刘福通率部攻克汴梁（今河南开封），定为宋政权都城。这时，红巾军的势力已“东逾齐鲁，西出函秦，南过闽广，北抵幽燕”，达到了极盛时期。
元朝统治者先派遣的回军、汉军溃败后，又派御史大夫也先帖木耳带兵镇压，结果又大败而归。
红巾军兵力分散，三路大军流动作战，三路大军北伐相继失利，汴梁城破，刘福通保护韩林儿冲出重围，逃奔安丰。
至正二十三年二月，早已占领了濠州（今安徽凤阳）的张士诚，趁安丰（今安徽寿县）空虚之机，遣其将吕珍攻破安丰（今安徽寿县）。
义军领袖刘福通遇难，中原地区的红巾军被地主武装镇压下去。1363年，红巾军建立的韩宋政权结束了。
而在南方，在朱元璋尚未加入起义军时，刘福通领导的红巾军在北方已发展至十余万人。但红巾军存在组织不够严密、战略规划不完善等问题，在元军的围剿和内部诸多困难下，发展面临困境。
刘福通拥立韩山童之子韩林儿为小明王，建立“大宋”政权。
朱元璋最初在南方起义，后来，随着其影响力的扩张，他的活动范围逐渐向北扩展，从而与北方的小明王政权产生了交集。随着局势变化，朱元璋势力崛起，韩林儿名义上被尊奉为主，实际被朱元璋控制，最终韩林儿在前往应天府途中溺亡，死因存疑。
朱元璋的起义军发展迅速。原是郭子兴红巾军部左副元帅，被小明王的宋政权任命为江南行省左丞相。后独树旗帜，背叛农民军，成为地主阶级的代理人。
还有徐寿辉在湖广一带领导的起义军，建立了天完政权。郭子兴在江淮地区起义，他的队伍后来成为朱元璋崛起的基础之一。
明玉珍在四川重庆一带起义，建立了大夏政权。
这些起义军有的在发展过程中被元朝镇压，有的被其他起义军兼并。朱元璋在崛起过程中，通过军事手段和政治策略，逐步整合了部分起义军的力量，不断壮大自己的势力。
元末红巾军虽然失败了，但农民军坚持斗争13年，历经“大小数百战”，波及大半个中国，对瓦解和推翻元朝的统治起了决定性作用。
南方各起义军的发展以及最后推翻元王朝创造和奠定了条件和基础。朱元璋趁元军疲于对付北方红巾军，无暇南顾之机，采取一系列有效措施，逐渐发展壮大起来。
采取先西后东，先强后弱的战略，在具体作战中，稳步推进，集中优势兵力，先剪枝叶，然后动摇其根本，从而削平群雄统一了江南，为北上灭元奠定了雄厚的物质基础和军事基础。
北方起义军是失败了。但是南方以朱元璋、陈友谅的起义军还没失败，当时他们两大势力是南方的主要势力，不管谁战胜都将一统南方，以南方之力对抗当时四分五裂的北方元军都将统一天下，之所以朱元璋胜利那是军事上的战术问题了。
本来朱元璋只在应天府江苏江西一带，但是打败陈友谅，两湖在其手中，本来他是兵精，如今粮也足了，南方已在其手，之后抓准时机，乘北方元军内部自相残杀之即，假道山东，直取大都水到渠成了。
这其中很大的缘故在于，南方当时已经是中国经济的重心，南方包括江淮在朱元璋手中、元军已经没了粮饷的来源，尤其当时明军已经拥有火器和大量的骑兵，本来北方对南方最有利的骑兵优势也不复存在。
元朝的腐朽统治在红巾军的冲击下摇摇欲坠，最终走向了覆灭。而红巾军的精神，将永远铭刻在历史的长河中，激励着后人不断追求自由、平等和正义。
1368年正月，朱元璋在南京称帝，建元洪武，国号大明。元王朝在各地农民军打击下终于灭亡了。