崇祯十六年(1643年) 八月二日, 朝廷的圣旨传到了徳安府, 到是不惜赞美之辞，着力嘉奖吴甡和商毅。同时加封商毅为平寇副将。
副将也称为副总兵，比参将要高出一等，一般分为驻守副将和一般副将，前者有固定的守区，属于地方高级武将，而后者只能算是达到副将级别，实权和地位都比前者要差。不过现在商毅没有固定的驻守地，还不能算是留守副将，不过朝廷给他加上一个“平寇”的前衔，以示和一般副将的区别。而商毅同时还兼任着山东都司的同知指挥，因此还可以算是山东的地方武将。
这一次大战李自成，商毅立下的功劳可以不算小了，但只得升一级的晋升，这到并不是朝廷有意要压制，而是因为商毅现在的地位也以经很高了，再想要过去那样，连升数级是不可能的了。比如像吴甡，他现在以经是内阁大学士了，尽管有督师之功，但也才只加了一个候爵的爵位。
当然嘉奖升职都是其次的，在圣旨中，崇祯也正式下令，命吴甡和商毅立刻向南进军，收复武昌府，并同汇同左良玉，夹击张献忠。同时还调刘泽淸部进驻汝宁府，协助出关南下的孙传庭，夹击李自成。
吴甡是老于官场的人，一听朝廷圣旨的内容就知道，这一定又是陈演的鬼把戏，肯定是见自己督师打败了李自成，连连取胜，生怕自己再把李自成给灭了，立下大功，回朝之后取代他的内阁首辅位置。因此才让孙传庭出关来对付李自成，而把自己调离，去对付张献忠。就是不让自已立下剿灭李自成的大功。
不过知道虽然是知道，但吴甡可不是左良玉，敢把皇帝的圣旨当擦手纸用。一来他是受传统儒家道德思想的约束，对皇命还是有相当的敬畏感，二来吴甡手里也并没有兵权，虽然吴甡现在出任督师, 可以总督湖广、河南、四川、南直录等地的军务，但他并非武将出身, 而且一直在京师为官, 在地方上也缺少影响力，尽管在名议上手下有十余万兵马，但实际上没有一兵一卒真正是他的人, 真正的嫡系力量, 只有吴甡自己养的几百家丁了，远不如孙传庭或是左良玉，甚致连商毅都比不上，从这个意义上说，吴甡也根本就没有和朝廷叫板的本钱。因此对朝廷的命令，也只能接受。
不过吴甡到底是在第一线督战的人，当然知道现在的李自成，可不是当年那个一败就散的李自成了，别看他现在打了几个败战，但毕竞实力雄厚，没有伤及到根本，仍然还有很强的战斗力，而在自己手下，除了商毅部这一万多兵马之外，其余的都不可大用，但仅靠商毅一部的力量，想蠃李自成几仗，收复几座城地到是可以，但想要彻底击溃，甚致是灭掉李自成，那又谈何容易。因此吴甡才迫切的催促朝廷，速命孙传庭出关，和商毅形成南北夹击之势，才有可能真正击败李自成。否则在现在的大明里，单凭那一方的力量，都并不足以单独对付李自成。
那知现在陈演搞了这么一出来，吴甡心里暗想，就让孙传庭去偿偿李自成厉害也好，自已手下好歹还有个商毅，能够顶上几阵，而孙传庭手下有谁，凭什么就能敌得过李自成？想伸手摘现成的桃子，那有那么便宜的事情，别羊肉吃不着，还惹了一身腥。等到孙传庭被李自成打败了，看陈演怎么来收这个场。而自己转攻张献忠，也未必不是一件好事，因为张献忠的实力比李自成还差着好大一大截，因此也好对付一些。剿灭张献忠，可也是不小的功劳。
现在的问题是，只是看怎么哄着让商毅心甘情愿放弃进攻李自成，来转攻张献忠。现在吴甡也彻底看透了，其他各路明军都靠不住，无论是打李自成，还是打张献忠，自己还是要靠商毅的这支人马。
而自从在随州打败了李自成，攻占了徳安府之后，商家军也一直没有大的军事行动，在徳安府歇兵了十余曰，并且进行了一些小的修整。同时将粮草物资都从光州转运到徳安府来，商毅显然是打算把徳安府做为自己新的驻扎地点。因为徳安府上连襄阳，下接武昌，地利位置可比光州好多了。
现在商家军的人数以经急骤扩张了不少，不仅聚集了原来三个团，一个骑兵营，两个侦察连的兵力，共计有一万一千余人，另外有辅助兵力和后勤人员二千五百余人。
在光州时，有一千四百多想要投靠商毅的明军，经过了十几天的训练之后，有近三百人因为承受不了严格的训练和军纪要求，而选择退出，但还是留下了一千多人，因为他们基本适应了前一阶段的训练，因此估计也不大可能再有大规模的退出。这个结果也有些出乎商毅的预料，按他想来，能留下六七百人就不错了。
原来现在的情况和戚继光那个时代有所不同，戚家军建军是在明中期，那个时候明朝的国力还比较强盛，社会也还算安定，百姓还都能够过得下去，而且社会风气又歧视武将，因此一般的老百姓都不愿意当兵，军队的来源绝大部份都是社会无业人员，在当兵之前，就粘染上了许多不良习惯，再加上军队里军纪松驰，作风败坏，自然也就都成了兵油子。
这时正逢乱世，军队的成员中除了社会无业人员之外，还有相当一部份是穷苦百姓，因为生存不下去了，不得不选择当兵，靠着一点微薄的军饷，免强度曰。虽然在军队里时间长了，也粘染上一些坏习惯，但这一部份人毕竟都是穷苦农民出身，与社会无业人员有相当大的不同。本身还是能吃苦耐劳，因此只要给他们一个良好的环境，改造起来并不算困难。
而在商家军里，正好就提供了这样环境，训练虽然艰苦，而且在正式成为商家军的士兵之前，没有军饷可拿，但毎天的饭食却能保证充足，绝对能管吃饱。同时，这些明军也发现，在商家军里，军官和士兵之间的关系都十融洽，完全不像别的军队那样，军官高高在上，可以肆意责打，辱骂士兵。即使是一些身份较高的军官，生活也比较简单。包括商毅本人在內，基本也和普通士兵一样，住一般的营帐，吃同样的饭莱，身边顶多就是有一两个勤务兵伺候，而且对普通士兵都和和气气，根本就不像是从二品武将的样子。
这一切在商家军里面，以经是十分平常的事情，但在这些明军看来，像这样军官和士兵们同甘共苦的情况，只是在说书的故事里听过，而在现实中，却是从未见过。其实中国人最大的特点就是不患贫，而患不公。因此在商家军良好的气氛之中，对旧明军的改造还算比较顺利。
在经过了十几天的改造之后，尽管有三百多人因为受不了而退出，但剩下的士兵的精神况态都得到了明显的改观，虽然绝大多数人还达不到成为正式士兵的技能标准，但在训练之余，也可以和辅兵一起做一些辅助性的工作了。同时还有更多的明军也都愿意加入商家军来。因此现在商家军里，像这样明军数量以经达到一千八百多人。对此商毅仍然是和原来一样，来者不拒，但必须受接受商家军的改造训练。并且也正试给他们命名为商家军预备队。
在前一阶段的战斗中，商家军同计阵亡了三百一十七名士兵，商毅见前一阶段对旧明军的改造效果还不错，因此也进行了一次选拔比赛，将一批训练成绩优绣的明军补充进商家军来，正式成为商家军的一员。
为此商毅还正式招开了一个欢迎新兵加入商家军的大会，不仅使这些明军十分激动，而且对其他预备队的士兵来说，也是一个很大的鼓励：商毅说话是算数的，只要认真训练，尊守纪律，达到标准，就可以正式为选拔进入商家军。因此训练也就更加认真刻苦了。
而击败李自成的战斗中，商家军又抓到了不少俘虏，现在俘虏总数以经接近四千多人，对俘虏的管理办法还是和以前一样，用积分等级制度的划分管理，因为有了前一阶段的经验，同时有了前一批俘虏的示范例子，而且又多了许多预备队的人手，来帮忙管理俘虏，因此尽管俘虏的人数几乎增加了一倍，但管理起来也颇为得心应手，不用商毅再多操心了。
不过人数的增加，也使商家军的粮食储备开始吃紧，现在德安府的粮草以经支持不到一个月了, 商毅也在考虑，要开口向吴甡要粮草了。
而就在这时吴甡也来到了德安府，名议上是视察军务，但实际上是要说明商毅，转攻张献忠。于是经过了一番客套之后，吴甡也对商毅晓之以理，动之以情，诱之以利，劝说商毅转攻张献忠，并且许若击败张献忠之后，向朝廷保举商毅为总兵。