清点攻下上侥城的战果，共计俘虏奉德军士兵余人，另外还有10余名在兵变中侥幸逃脱性命的日本军官，再加上在前期战斗中击毙的奉德军士兵，因此全歼经过浙江省的奉德军这个目标，可以算是基本实现了。另外还发现了福田正齐等军官的尸体。虽然在人民军进城后，奉德军的士兵基本都弃械投降，但因为己经开战了，因此只能按俘虏处理，而不能享受归降的待遇。而被俘的日本军官将在华东政*府的军事法庭上受审。
而人民军自身的伤亡并不多，加上前期的战斗，也只阵亡不到200名士兵，还有300余名士兵受伤。不过在清点战果时，还统计出在这2、3天的兵变中，城中死亡了约6000余名居民，另外还清理出了抢劫到的大量物品钱财。
上侥不是大城市，城区内的人口在50万左右，因此死亡了6000余居民，也是一个相当惊人的数字，由其是这些居民并不是死于战火，而是死于军队的暴乱。也引起了人民军的愤怒。
人民军军纪严明，秋毫无犯，己是众所周知的事情，而且经过政治教育的人民军士兵，已将保护民众视为军队的职责之一，尽管现在上侥还不是华东政*府的地方，但在华东政*府的教育中，只要是中国的地方，都会是华东政*府的领地，现在不是，将来也会是，只要是中国人，也都是自己的同胞，因此看到奉德军的暴行，自然是让人民军的官兵义愤填膺。
不过人民军不能处理这件事情，只能上报给军委，再由军委转报给行政院决议。
而上侥事件上报到行政院，出现了三种意见，有人主张认为应该对奉德军进行清算，将有过抢掠杀人行为的奉德军进行严惩；但也有人认为奉德军不是人民军，不能用人民军的军纪标准去要求奉德军的士兵，尽管奉德军是在开战之后投降的，但毕竟没有负隅顽抗，而且自古以来都是杀俘不祥的，如果在投降之后仍然遭到清算，以后华东政*府挥军南下时，其他各势力的军队就只能和人民军顽抗到底了；当然还有人认为上侥本来是袁世凯的地盘，而且这次华东政*府出兵，只是歼灭奉德军以表示自己的态度，也不打算占领袁世凯的地盘，因此不如交给袁世凯处理。
行政院经过讨论之后认为，首先不能交给袁世凯处理，因为如果要袁世凯处理，就必须将所有俘虏都交给袁世凯，这无疑会大大增强了袁世凯的实力。而在严惩和放过之间，行政院最终选择了严惩，行政院认为严惩有抢掠杀人行为的奉德军士兵，并不是杀俘、也不是清算，而是对他们所犯的抢劫杀害平民罪行的惩罚，这样对上侥的民众也有一个交待，同时也能为华东政*府争取民心。只要是民心所向，就算其他各势力的军队和人民军顽抗到底，也不足为虑。
于是军委下令，要求第19野战军对所有俘虏的奉德军士兵进行审查，有杀人行为的奉德军士兵执行枪决，有抢劫行为的奉德军士兵，则按情节轻重进行惩处，同时行政院还专门成立调查小组，赶赴上侥，协助调查。
在一个多月后，被确认有杀人行为的奉德军士兵共计有1200余人，参与抢劫行为的奉德军士兵则多达万人，而确认有杀人行为的奉德军士兵在上侥公开执行枪决，居民都可以到刑场观看；而参与抢劫行为的奉德军士兵则被处以5-10年不等的监禁劳役时间。被奉德军士兵抢劫的物资钱财，以及缴获的部份奉德军的粮食物资也都分发给上侥的居民，然后才从上侥撤军。
而在人民军从上侥撤离时，上侥的居民纷纷自发的出门相送，有的还痛哭流涕，希望人民军能够留下来。袁世凯得知以后，也不由长叹一气，华东政*府收买民心，果然是有一套。换了自己，决不会对俘虏的奉德军士兵进行清算，而是将他们打散之后编入自己的军队，以扩大自己的实力，毕竞这些俘虏本来就军人，根本不用怎么训练，就可以有战斗力。当然华东政*府现在家大业大，也看不上这些俘虏的士兵。
不过这些都是后话了，就在人民军攻占上侥，全歼上侥的奉德军时，在福建战场上，人民军己连续攻占了福宁府、建宁府、延平府、福州府、永春州等地，而袁军也趁机攻占了汀州府、龙岩州，还有第一次南方战争就占领的邵武府；而奉德朝廷只剩下泉州府、兴化府、彰州府，总面积约1.6万平方公里，几乎可以说是名存实亡了。
而这时距离奉德军从浙江进入江西，攻取上侥，仅仅只有12天的时间，华东政*府就完成了对奉德朝廷的报复，并且攻占了差不多4成左右的福建省。
其实华东政*府出兵之后，日本政*府就知道事情不妙，山本义真、福田正齐、三浦建太郎这几个人也太大的胆子了，竞然去惹华东政*府，这不是找死吗！不过日本政*府自然不敢出兵福建，只能请英法等国进行调停。
这时英法等国也是相当恼火，因为他们都很清楚，华东政*府是决不可忍下这一囗气的，说不定就会以这个借口，占领福建，但现在责怪日本己经没有意义了，只能尽力的调停，因此英法等国的驻青岛领事也频频和外事委沟通，表示愿意调停华东政*府和奉德朝廷之间的矛盾，停止战争。
而华东政*府讨论之后，认为现在华东政*府并没有大举南下的计划，只是奉德朝廷的作死行为，迫使华东政*府必须以强硬的姿态应对，而到了现在这一步，也差不多可以交待过去了，如果彻底灭掉了奉德朝廷，最大的受益者其实是袁世凯，可以全无后顾之忧的与德佑朝廷对抗，这无疑将大大增加了袁世凯的胜算。
因此在这个时候接受英法等国的调停，让奉德朝廷还保留一点力量，对袁世凯多少也有一些牵制，而且日本也不会坐视奉德朝廷被灭掉。
于是华东政*府提出两个条件，一是必须将肇事者交由华东政*府处置；二是严禁日本军队进入福建。否则华东政*府将继续进军，彻底消灭奉德朝廷。
到了这一步，日本政*府也没有别的选择，而且还有英法等国对日本政*府施压，因此只能答应下来。不过就在这时，山本义真、三浦建太郎为首的，在奉德朝廷的16名主要的军官全部剖腹自杀谢罪。
原来日本政*府明白，这次事件的肇事者就是在奉德朝廷的日本军官，但如果将这些人都交给华东政*府治罪，那么日本政*府必将威名扫地，无论是在国内还是国外，都无法立足，因此日本政*府责令陆军参谋部，对以山本义真、三浦建太郎为首的，在奉德朝廷的日本军官发出了一份措词极为严厉的问责令，要求他们为这次事件负责。
山本义真、三浦建太郎接到问责令之后也就明白了，这就是参谋部要他们自杀谢罪，不过到了这一步，这些人也有这个思想准备，毕竟把福建的局面弄成这个样子，确实是这些人的责任，因此也只能自杀，才能向日本政*府谢罪，而这些人自杀了，也就不用交给华东政*府治罪了，相信华东政*府也没有拿尸体出气的打算，这样也就能移保住日本政*府的面子。
果然，知道日本军官全部自杀，华东政*方面也有些佩服日本人的狠劲，16个人一起剖腹自杀，这可不是一般的狠劲，而人死了自然也就不再追究了，反正宣称这些日本人畏罪自杀也能交待得过去，因此在确认了尸体之后，华东政*府也就没有再追究。
而人民军停止了进攻，可约束不了袁世凯，仅剩泉州府、兴化府、彰州府的奉德朝廷肯定是不可能抵挡得住袁军的进攻，必须要有外援才行。虽然和华东政*府达成的协议，日本军队进入福建，但日本政*府还是找到了其中的空子，就是调台弯人组成的军队进入福建，协助奉德朝廷抵御袁军的进攻。这样华东政*府也就没有话说了。
其实华东政*府是有意留下这个漏洞，因为现在还不能让奉德朝廷灭亡，因此留下这个漏洞，让日本可以保住奉德朝廷现有的少许地盘，从而达到牵制袁世凯的目地。
结果日本迅速从台弯运来了3个旅团，分别驻守泉州府、兴化府、彰州府，而这一来如果要向奉德朝廷发动进攻，就必须增加兵力，袁世凯思考再三之后，终于决定放弃进攻奉德朝廷，因为现在奉德朝廷也就只剩下这么一点地方，就算是占领了也作用不大，不值投入太大，而且现在袁世凯与德佑朝廷的战争己进入关建时刻，不容分散精力，因此袁世凯给王士珍下令，让他停止进攻德佑朝廷，守好汀州府、龙岩州、邵武府等地。