联盟在废墟之上艰难地开启了重建工作。各个星系纷纷伸出援手，运输舰满载着资源穿梭于星际之间，为那些遭受重创的星球带来生机与希望。曾经繁华的商业星球，如今只剩下残垣断壁，重建工作的首要任务便是恢复基础的生活设施与能源供应。
工程师们日夜奋战，在废墟中重新规划城市布局，利用先进的建筑技术，快速搭建起一座座临时的居住舱。这些居住舱虽然简陋，但却为流离失所的人们提供了遮风挡雨的港湾。与此同时，农业专家们也在被战火洗礼过的土地上，尝试培育新型的耐旱、耐寒作物品种，期望能尽快解决粮食短缺的问题。
然而，联盟的平静并未持续太久。幽影议会虽然在超级武器的爆炸中遭受重创，但仍有部分残余势力潜藏在宇宙的黑暗角落。他们暗中勾结星际海盗，对联盟的运输航线进行骚扰与打劫，试图切断联盟各星系之间的联系。
在一次重要的资源运输任务中，由数艘大型运输舰组成的船队在经过一片神秘的星云区域时，突然遭到了不明势力的袭击。护航舰队立刻进入战斗状态，能量护盾开启，镭射炮瞄准敌人来袭的方向。只见黑暗中，一艘艘造型怪异的战舰缓缓驶出，海盗们的旗帜在舰桥上飘扬，而他们所使用的武器，竟带有幽影议会的黑暗能量特征。
双方在星云之中展开了一场激烈的交火。运输舰在护航舰队的掩护下，试图加速逃离这片危险区域。但海盗们显然早有预谋，他们派出了小型战斗机群，绕过护航舰队的防线，直扑运输舰。运输舰的船员们临危不惧，操控着舰船上的自卫武器进行反击。激光束在黑暗的星云中交错纵横，照亮了这片原本寂静的宇宙空间。
联盟舰队指挥官意识到这场战斗的严重性，他迅速调整战术，命令一部分战舰集中火力攻击海盗的主力舰，吸引他们的注意力，而另一部分则组成防御网，保护运输舰突围。在激烈的战斗中，一艘联盟战舰被黑暗能量击中，护盾破裂，舰体发生爆炸，化作宇宙中的尘埃。但战士们没有丝毫退缩，他们前赴后继，为了联盟的未来，为了那些等待资源重建家园的人们，与敌人展开殊死搏斗。
这场遭遇战让联盟深刻认识到，幽影议会的残余势力和星际海盗的联合，将成为重建路上的巨大威胁。联盟高层紧急召开会议，商讨应对策略。一方面，决定加强护航舰队的力量，研发针对黑暗能量武器的防御系统；另一方面，派遣特工深入宇宙黑暗角落，探寻幽影议会残余势力的藏身之处，准备对其进行彻底的清剿。而在这重建与危机并存的时刻，联盟内部的团结也面临着新的考验，各个星系在资源分配、军事部署等方面产生了不同的意见与分歧。但他们都清楚，若不能尽快解决外部威胁，处理好内部矛盾，联盟来之不易的新生将再次陷入危机之中。