艾利克斯利用自己先进的装备和丰富的经验，巧妙地避开敌人设下的陷阱。他逐渐摸清了这个组织的据点分布，悄悄潜入核心基地。在那里，他看到无数复杂的仪器正操控着各个时空的关键节点。艾利克斯趁敌人不备，开始破坏那些仪器。然而，触发了警报，大批敌人围堵过来。
他启动身上的防护装置，奋力抵抗。就在寡不敌众之际，他释放机械鸟发出求救信号。关键时刻，他之前的伙伴们冲破敌人的防线赶来支援。他们并肩作战，逐渐扭转局势。艾利克斯找到了控制整个阴谋计划的主控制台，只要毁掉它就能终止一切。
可是主控制台设有强力护盾，艾利克斯尝试多种办法破解。突然，他想起之前在时空水晶上感应到的特殊频率，用设备模拟这个频率竟然打开了护盾。他毫不犹豫地摧毁了主控制台，这个妄图掌控时空的阴谋彻底破产。艾利克斯和伙伴们胜利而归，此后他们时刻警惕着时空的异动，再也不让类似阴谋得逞。
回到总部后，艾利克斯和伙伴们受到了英雄般的欢迎。但艾利克斯心中却有着一丝隐忧。在一次对战斗数据的分析中，他发现当时空主控制台被摧毁时，有一股异常微弱的能量波动逃逸出去。这股能量虽然极其微小，却蕴含着一种未知而危险的气息。
艾利克斯将这个发现告知伙伴们，大家决定再次展开调查。顺着那丝微弱能量留下的痕迹，他们穿梭于各个时空之间。历经重重艰难险阻，终于追踪到一颗神秘的星球。这颗星球表面看起来平静祥和，实则隐藏着巨大的秘密。
当他们深入星球内部时，发现这里居然存在着一个古老的文明遗址。在遗址中心，那股消失的能量汇聚成了一个奇特的晶体。艾利克斯意识到这个晶体一旦爆发，可能引发比上次更大的危机。于是，他们小心翼翼地运用高科技手段，成功封印了这个晶体，消除了潜在的威胁，再一次守护了时空的和平。虽然成功封印了晶体，消除了威胁，但艾利克斯并没有放松警惕。在返程途中，飞船的探测系统突然报警，显示前方出现强烈的时空乱流。这种乱流极为罕见且危险，稍有不慎就会被卷入其中粉身碎骨。
艾利克斯冷静地操控着飞船试图躲避，伙伴们也纷纷协助调整各种参数。就在即将摆脱乱流影响范围的时候，一道奇异的光线从乱流深处射出，击中了飞船的能源系统。飞船瞬间失去动力，直直向一个未知的时空区域坠去。
紧急关头，艾利克斯启用备用能源，并借助附近一颗小行星的引力改变了坠落轨迹，最终安全降落在一个看似原始的星球上。在这里，他们发现了一些奇怪的生物迹象，这些迹象表明这个星球似乎与之前遇到的神秘晶体有着某种微妙的联系。艾利克斯知道，新的冒险即将开启，他们必须尽快找到修复飞船并离开的方法，同时探究这个星球背后隐藏的真相。