安东尼与普布利乌斯·克罗狄乌斯·普尔凯尔（publius clodius pulcher）的关系让他获得了更高的知名度。
克罗狄乌斯通过他的恩人马库斯·李基尼乌斯·克拉苏斯（marcus Licinius crassus）的影响，与尤利乌斯·凯撒（Julius caesar）建立了良好的政治关系。
克罗狄乌斯为安东尼争取到了在公元前54年加入凯撒军事幕僚团队的机会，参与了凯撒对高卢（Gaul）的征服。
在凯撒麾下服役期间，安东尼展现出了出色的军事领导才能。
尽管在后来的生活中与凯撒曾短暂疏远，但安东尼与凯撒发展出了友好的关系，这种关系一直持续到凯撒在公元前44年被暗杀。
凯撒的支持为安东尼带来了更大的政治进步。
服役高卢一年后，凯撒派安东尼返回罗马正式开始他的政治生涯，并确保他当选为公元前52年的财务官（quaestor）。
安东尼被指派协助凯撒后，返回高卢并在阿莱西亚战役（battle of Alesia）中指挥凯撒的骑兵，该战役中凯撒战胜了高卢首领维钦托利克斯（Vercingetorix）。
完成任期后，安东尼成为凯撒的副官之一，并被指派指挥两支军团（大约7,500名士兵）。
与此同时，凯撒、庞培（pompey）和克拉苏斯之间的同盟实际上已经破裂。
凯撒在征服高卢中的辉煌成就加剧了他与庞培之间的紧张关系。
庞培因嫉妒这位昔日的盟友而渐渐远离凯撒，并倾向于卡托（cato）及其盟友。
罗马国内的政治局势也十分紧张，多位政治家领导着规模庞大的街头团伙。其中两个重要的团伙分别由克罗狄乌斯和他的对手提图斯·安尼乌斯·米洛（titus Annius milo）领导。
在公元前52年，由于团伙的公开暴力和激进护民官的阻挠，选举无法进行，米洛在罗马城外的一条道路上遇到了克罗狄乌斯（两人都带着随从），最终导致克罗狄乌斯被杀。
在克罗狄乌斯举行的暴力即兴葬礼上，爆发了大规模的骚乱，并焚毁了元老院大楼——赫斯提利亚会议厅（curia hostilia）。
为恢复秩序并举行选举，元老院提升庞培为独任执政官。
这一地位的巩固使庞培在接下来的几年里进一步疏远了凯撒。
安东尼一直在凯撒的军事幕僚团队服役，直到公元前50年，协助完成高卢的清剿行动，以巩固凯撒的征服成果。
随着战争基本结束，安东尼被派回罗马，担任凯撒的保护者。
在凯撒的支持下，安东尼被任命为“鸟占祭司学院”（college of Augurs）成员，这是一个负责通过研究鸟类飞行来解读神意的重要祭司职位。
所有公共行为都需要吉兆，这使该学院具有相当大的影响力。
随后，安东尼在公元前49年当选为十位护民官之一。
在这一职位上，安东尼可以通过否决不利于凯撒的行动来保护他的恩主。
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凯撒与庞培之间的冲突在公元前49年初爆发为公开对抗。
当年的执政官盖乌斯·克劳狄乌斯·马尔凯卢斯（Gaius claudius marcellus）和卢修斯·科尔内利乌斯·伦图卢斯·克鲁斯（Lucius cornelius Lentulus crus）反对凯撒。
当时庞培虽身处罗马，却担任西班牙（Spain）总督并指挥着数支军团。
在整个公元前50年，凯撒与元老院之间进行着不安的谈判，凯撒要求在身居军职的情况下获得竞选执政官的权利。
安东尼再次提出小库里奥（curio）的提案，建议凯撒和庞培同时放弃指挥权，恢复为平民身份。
这一提案受到大多数元老院议员的欢迎，但执政官和卡托（cato）坚决反对。
随后，安东尼提出新建议：凯撒保留八个军团中的两个以及伊利里亚（Illyrium）总督职位，同时允许其以缺席方式竞选执政官。
尽管庞培对这一让步表示满意，但卡托和伦图卢斯拒绝妥协。
安东尼声称自己性命堪忧，逃离罗马返回凯撒在阿尔卑斯高卢（cisalpine Gaul）的营地。
安东尼离开后几天，即公元前49年1月7日，元老院再次开会。
在卡托的领导下，并得到庞培的默许，元老院通过了最终议决（senatus consultum ultimum），剥夺凯撒的指挥权，并命令他返回罗马接受审判。
元老院还宣布，若凯撒不立即解散军队，他将被视为国家公敌。
随着和平解决的希望破灭，凯撒以安东尼为借口向罗马进军。
作为保民官，安东尼的人身是神圣不可侵犯的，因此伤害他或拒绝承认他的否决权是违法的。
三天后，即1月10日，凯撒渡过卢比孔河（Rubicon），引发了内战。
凯撒的快速进军让庞培措手不及，他撤离意大利前往希腊（Greece）。
进入罗马后，凯撒没有立即追击庞培，而是率军前往西班牙，击败了当地支持庞培的忠诚势力。
同时，安东尼被授予代行执政官（propraetor）头衔，担任意大利总督并指挥驻军，而凯撒的幕僚之一马库斯·埃米利乌斯·李必达（marcus Aemilius Lepidus）负责罗马临时政府的运作。
尽管安东尼深受士兵喜爱，但大多数普通市民厌恶他，因为他对他们因内战而遭受的困苦漠不关心。
到公元前49年年底，凯撒已从敌人手中夺得了高卢（Gaul）、意大利、西班牙、西西里（Sicily）和撒丁岛（Sardinia）。
公元前48年初，凯撒准备带领七个军团渡海前往希腊与庞培决战。
凯撒将伊利里亚的防务交给了安东尼的弟弟盖乌斯·安东尼乌斯（Gaius Antonius）和普布利乌斯·科尔内利乌斯·多拉贝拉（publius cornelius dolabella）。
然而，庞培的军队击败了他们，并控制了亚得里亚海（Adriatic Sea）。
此外，他们指挥的两个军团倒戈支持庞培。
由于失去了舰队，凯撒缺乏足够的运输船只，无法将七个军团全部运送到希腊。
他只带着两个军团渡海，并指示安东尼率领剩下的五个军团留守布伦迪西乌姆（brundisium），待时机成熟再汇合。
公元前48年初，卢修斯·斯克里波尼乌斯·利博（Lucius Scribonius Libo）接管了庞培的舰队，该舰队约有50艘战舰。
利博封锁了布伦迪西乌姆，但安东尼设计用几艘诱饵船吸引利博追击，导致利博的舰队被困并遭到攻击。
尽管利博的大部分舰队设法逃脱，但有几艘战舰被俘。
随着利博撤退，安东尼于公元前48年3月在希腊与凯撒会合。
在希腊战役中，普鲁塔克（plutarch）记载安东尼是凯撒最优秀的将领，仅次于凯撒本人。
安东尼在巴尔干半岛西部与凯撒汇合，并包围了庞培在迪拉基乌姆（dyrrhachium）的更大规模的军队。
由于粮食短缺，凯撒于7月下令夜袭庞培的营地，但庞培以更大的兵力击退了这次进攻。
尽管战斗没有明确胜负，但这场胜利在战术上属于庞培。
然而，庞培并未下令反攻凯撒的营地，允许凯撒撤退。
凯撒后来感叹，如果庞培当时发起攻击，内战本可在那一天结束。
凯撒得以撤退到色萨利（thessaly），庞培随后追击。
在法萨卢斯平原（plain of pharsalus）采取防御阵地后，凯撒的军队准备与规模两倍于己的庞培军队进行决战。
公元前48年8月9日，在法萨卢斯战役（battle of pharsalus）中，凯撒指挥右翼，对阵庞培，而安东尼则指挥左翼。
战役最终以凯撒的决定性胜利告终。
尽管内战并未在法萨卢斯结束，但这一战标志着凯撒权力的巅峰，并实际上终结了罗马共和国。
这场战役为凯撒带来了急需的合法性，因为在战役前，意大利以外的大部分罗马世界将庞培及其支持的元老院势力视为合法政府。
在庞培战败后，大部分元老院成员倒向凯撒，包括许多曾在庞培手下作战的士兵。
庞培本人逃往托勒密王朝的埃及，但法老托勒密十三世·忒奥斯·菲洛帕托尔（ptolemy xIII theos philopator）因害怕凯撒的报复，在庞培抵达后将其暗杀。