克利奥帕特拉二世在公元前115年4月前去世,此时克利奥帕特拉三世成为政府中的主导力量。
托勒密九世被迫与其姊妹妻克利奥帕特拉四世(cleopatra IV)离婚,克利奥帕特拉四世随后嫁给了她的堂兄、塞琉古国王安条克九世(Antiochus Ix,统治时期115–95 bc),其母克利奥帕特拉·提亚(cleopatra thea)是克利奥帕特拉三世的姐妹。
安条克九世当时正与其同父异母兄弟安条克八世(Antiochus VIII,统治时期125–96 bc)交战,而安条克八世的妻子是克利奥帕特拉四世的姐姐特莱菲娜(tryphaena)。
在前往与安条克九世会合的途中,克利奥帕特拉四世在塞浦路斯(cyprus)停留,招募了一支军队并控制了塞浦路斯舰队,以支援安条克九世。
正因如此,在公元前114\/113年,托勒密十世(ptolemy x)自称为“塞浦路斯之王”(King of cyprus),公开宣示对抗托勒密九世。
与此同时,托勒密九世迎娶了其妹妹克利奥帕特拉·塞勒涅(cleopatra Selene),并很快与她生下一女贝勒尼基三世(berenice III)。
克利奥帕特拉·塞勒涅并未与她的新丈夫共同担任共治者,这与传统做法有所不同。
在此期间的文献中,王室配偶为克利奥帕特拉三世和托勒密九世,他们被纳入托勒密王朝的宗教祭典中,作为“菲洛米特·索特神”(theoi philometores Soteres,即“爱母的救世神”)受到崇拜。
托勒密九世在安条克九世与安条克八世的冲突中支持安条克九世。
公元前114年,克利奥帕特拉四世被安条克八世的妻子特莱菲娜俘获并杀害,而安条克九世于公元前111年为此报复,杀死了特莱菲娜。
公元前109年,托勒密九世向安条克九世派遣了新部队,以协助他对抗哈斯蒙尼王朝(hasmonean)的犹太统治者海卡努斯一世(hyrcanus I)。
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公元前107年秋天,克利奥帕特拉三世与托勒密九世之间爆发了新的冲突。
保萨尼亚斯(pausanias)称,克利奥帕特拉三世刺伤了她的一些太监仆人,并将他们展示给民众,作为其子试图刺杀她的证据,导致亚历山大的民众暴动并将托勒密九世逐出城外。
在这一事件发生时,托勒密十世(ptolemy x)已离开塞浦路斯(cyprus),航行至佩鲁修姆(pelusium)。
克利奥帕特拉三世随后将他接至亚历山大,并将他立为自己的新共治者。
托勒密九世在逃离亚历山大时,将他的两个儿子留在了城内,同时也遗弃了克利奥帕特拉·塞勒涅(cleopatra Selene),后者似乎已经与托勒密十世成婚。
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托勒密九世被逐出亚历山大后,前往塞浦路斯(cyprus)岛。
那里,忠于克利奥帕特拉三世(cleopatra III)和托勒密十世(ptolemy x)的军队拒绝了他,迫使他撤退到塞琉西亚·皮埃里亚(Seleucia in pieria)。
从那里,他于公元前106年再次发动对塞浦路斯的入侵,并成功征服了该岛。
最初,他控制了基伦奈(cyrene),但在公元前105年之后,它似乎被他的同父异母兄弟托勒密·阿皮翁(ptolemy Apion)控制。
阿皮翁通过发布遗嘱保护了自己的地位,遗嘱中规定如果他无嗣而死,所有领土将归罗马(Rome),这种方法常被希腊化时期的国王用来防止对手篡位或刺杀。
然而,阿皮翁实际上在公元前96年无嗣去世,意味着罗马继承了这些领土。
公元前103年,哈斯莫尼王朝的新国王亚历山大·雅纳乌斯(Alexander Jannaeus)率军征服了托勒梅斯·阿科(ptolemais Akko)。
该城向托勒密九世求援,他赶来救援并迫使雅纳乌斯解除围城。
之后,他入侵加利利(Galilee),并在约旦河(River Jordan)附近的阿索丰(Asophon)战役中击败了雅纳乌斯,并在犹太(Judaea)肆意掠夺。
由于担心托勒密九世计划将犹太作为入侵埃及的跳板,克利奥帕特拉三世和托勒密十世自己也入侵了犹太。
托勒密十世先是通过海路入侵腓尼基(phoenicia),然后向内陆进军至大马士革(damascus),而克利奥帕特拉三世则围攻托勒梅斯·阿科。
托勒密九世试图绕过他们进入埃及,但托勒密十世及时赶回并阻止了他。
托勒密九世在加沙(Gaza)过了一个冬天,然后决定于公元前102年初返回塞浦路斯。
直到公元前 88 年,人们对他的活动一无所知。
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公元前88年春,亚历山大的军队和人民反对托勒密十世(ptolemy x),将他驱逐出埃及。
亚历山大人随后召回托勒密九世登基。
托勒密九世于11月在孟菲斯(memphis)正式重新加冕为法老。
在他的第一次统治期间,托勒密九世使用了“母爱救世主”(philometor Soter)这一称号,但在他回国后,舍弃了“母爱”(philometor)这一部分,因为它与他的母亲相关。
克利奥帕特拉三世和托勒密十世的崇拜和记忆似乎被正式抑制了。
当托勒密九世返回埃及时,埃及南部自公元前91年以来一直处于埃及叛军的控制之下。
托勒密九世在公元前88年11月派遣了一支由将军海拉克斯(hierax)指挥的大军向南进发。
底比斯(thebes)很快被重新夺回并遭到严重的洗劫。
托勒密王朝的控制恢复至菲莱(philae),但在叛乱期间由梅罗埃王国(kingdom of meroe)控制的下努比亚(Lower Nubia)并未重新夺回。
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在被亚历山大驱逐后,托勒密十世曾试图入侵塞浦路斯并重新夺回控制权,但在尝试中被杀。
在死之前,他曾向罗马共和国(Roman Republic)借了一笔大额贷款,并为此写下遗嘱,将他的王国遗赠给罗马。
虽然罗马人最终没有选择利用这一点,但罗马干预的可能性始终笼罩着托勒密九世的整个统治,迫使他在与罗马人打交道时采取了极为顺从的姿态。
公元前86年,一支由卢库卢斯(Lucullus)指挥的罗马舰队抵达亚历山大,寻求对抗本都(pontus)的米特里达梯六世(mithridates VI)财政和军事支持,罗马正与米特里达梯六世进行第一次米特里达梯战争(First mithridatic war,公元前89-84年)。
托勒密九世盛大地招待了卢库卢斯,但并未提供任何物质支持。
这很可能部分由于当时混乱的政治局势——罗马的战争努力由苏拉(Sulla)领导,但他已被卢修斯·科尔内利乌斯·辛纳(Lucius cornelius cinna)领导的罗马政府宣布为公敌。
此外,米特里达梯六世还设法抓住了托勒密的儿子们,他们自公元前103年以来一直在科斯岛(cos)上。
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公元前81年8月5日,托勒密九世任命他的女儿贝伦尼基三世(berenice III)为共治王,贝伦尼基三世曾是托勒密十世的妻子和共治王。
一些资料声称托勒密九世在其第二次登基的公元前88年便已将贝伦尼基三世任命为共治王,但所有文献证据表明,托勒密九世直到公元前81年才开始与她共同统治。
托勒密九世很快去世,可能是在同年的12月,留下贝伦尼基三世独自继承王位。
在几个月的单独统治后,她的表亲托勒密十一世(ptolemy xI)被立为共治王。
随后,贝伦尼基三世被暗杀,而托勒密十一世也被杀害。
最终,托勒密十二世(ptolemy xII)——托勒密九世的另一个孩子,继承了王位。