在公元前100年的事件之后，盖乌斯·马略起初试图反对召回于公元前103年被萨图尔宁流放的梅特鲁斯·努米迪库斯（metellus Numidicus）。
然而，看到反对已不可能，马略决定于公元前98年前往东方的加拉太（Galatia），表面上是为了履行他对伟大神母（magna mater）所许下的誓愿。
普鲁塔克（plutarch）将这次自我放逐描绘为这位六次执政官的巨大耻辱：“既被贵族们讨厌，也被民众所憎恨”，甚至迫使他放弃了公元前97年的监察官（censorship）候选资格。
普鲁塔克还记载，马略在东方期间试图激怒本都（pontus）的米特里达梯六世（mithridates VI）向罗马宣战——他告诉米特里达梯要么比罗马更强大，要么就服从罗马的命令——这样罗马人民就不得不再次依赖马略的军事领导。
然而，这一轶事被埃文斯（Evans）否定，他认为这“不过是一个恶意的传言”，可能由鲁提利乌斯·鲁弗斯（Rutilius Rufus）或卢基乌斯·科尔内利乌斯·苏拉·菲利克斯（Lucius cornelius Sulla Felix）捏造。
其他学者则认为，这次任务实际上是由元老院策划，并得到了元老院首席马库斯·埃米利乌斯·斯卡乌鲁斯（marcus Aemilius Scaurus）的支持，目的是调查米特里达梯在卡帕多西亚的军事活动，而不引起过多的怀疑。
不过，学者们指出，马略所谓的“耻辱”不可能持续太久。
在约公元前98至97年，他在小亚细亚期间被选为祭司占卜官团体（college of priestly augurs）的成员，此举是一项空前的荣誉，且是在他缺席的情况下选举产生的。
此外，马略仅凭出席了公元前98年对马尼乌斯·阿奎利乌斯（manius Aquillius）的审判——他的朋友以及公元前101年的前执政官同僚——就足以为被告确保无罪，即便他显然有罪。
在公元前95年，马略还成功地独自为来自斯波莱蒂乌姆（Spoletium）的意大利人t·马特里尼乌斯（t. matrinius）辩护，后者曾因马略而获得罗马公民身份，现在正因一项新的公民法而受到起诉。
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当盖乌斯·马略从东方返回罗马之后，罗马经历了数年相对的和平。
然而在公元前95年，罗马通过了一项法令，即《李锡尼亚-穆基亚法》（lex Licinia mucia），将所有非罗马公民的居民驱逐出城。
公元前91年，马库斯·李维乌斯·德鲁苏斯（marcus Livius drusus）当选为保民官，他提出了一项广泛的改革方案，旨在通过土地改革和粮食分配法来支持平民，为意大利人授予公民身份，以弥补土地改革对意大利人财产权的侵犯，并通过扩充骑士团成员以扩大元老院。
马略似乎对德鲁苏斯提出的意大利人问题并无意见。
然而，在德鲁苏斯被暗杀后，许多意大利城邦对罗马起义，爆发了公元前91至87年的同盟战争（Social war）。
在下一年的战役中，马略被列为执政官普布利乌斯·鲁提利乌斯·卢普斯（publius Rutilius Lupus）的一位高级副官，而卢普斯可能是他的亲戚之一。
卢普斯在公元前90年6月11日渡过托莱努斯河（tolenus）时遭遇马尔西人的伏击身亡；而马略则指挥军队的另一翼，成功地将敌人重创后击退。
卢普斯死后，元老院任命马略与长官昆图斯·塞尔维利乌斯·凯皮奥（quintus Servilius caepio）共同指挥；然而，凯皮奥很快因背叛致死，使得马略独揽指挥权。
在接管战争的北线战场后，马略积极进攻，在富奇诺湖（Fucine Lake）南部的丘陵地带击败了马尔西人，并得到他昔日的副官卢基乌斯·科尔内利乌斯·苏拉·菲利克斯（Lucius cornelius Sulla Felix）的帮助。
马鲁奇尼（marrucini）执政官赫里乌斯·阿西尼乌斯（herius Asinius）在战斗中阵亡。
根据普鲁塔克的记载，马略接着进入一种不作为的状态，并拒绝追击——可能是因为他不信任他的士兵——这引发了波帕埃迪乌斯·西洛（poppaedius Silo）的挑战：“如果你真的是一位伟大的将军，马略，为什么不从工事下来和我们战斗？”
对此马略反驳道：“那么，如果你真的是一位好的将军，为什么不试着逼我下去？”
次年，马略被执政官卢基乌斯·波尔奇乌斯·卡托（Lucius porcius cato）接替，并被排除在指挥之外。
我们不清楚为何他没有获得另一个指挥职务：“他的年龄应当被他的经验所弥补。”
有可能是马略因为疾病而放弃了指挥，或是因被认为进攻性不足而被解除职务。
战争极为艰苦，但在接下来的几年中逐渐结束，因为罗马在公元前90年颁布了《尤利亚法》（lex Julia），授予所有忠诚或愿意立即放下武器的盟友公民身份。
马略在冲突中的努力虽带来了少数几场胜利，但未获多少荣誉，尽管他担任了高级职务。
这段经历很可能重新燃起了他对进一步指挥和荣耀的渴望，促使他迈向寻求东方指挥权的道路。
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在同盟战争期间，盖乌斯·马略的门生和朋友之一，马尼乌斯·阿奎利乌斯（manius Aquillius），鼓动尼科美底亚王国（Niedia）和比提尼亚王国（bithynia）入侵本都（pontus）。
作为回应，本都的国王米特里达梯（mithridates）入侵了这两个王国以及罗马在亚洲（现今土耳其西部）的属地。
在击败阿奎利乌斯所指挥的少量兵力后，米特里达梯越过博斯普鲁斯海峡（bosphorus），而阿奎利乌斯则撤退到莱斯博斯岛（Lesbos）。
随着同盟战争的结束，加上即将获得荣耀与巨额财富的前景，公元前88年的执政官选举竞争异常激烈。
最终，卢基乌斯·科尔内利乌斯·苏拉（Lucius cornelius Sulla）当选为执政官，并获得了率军出征本都的指挥权。
米特里达梯的行动消息传到罗马后，马略可能考虑争取第七次担任执政官。
一位保民官普布利乌斯·苏尔皮基乌斯·鲁弗斯（publius Sulpicius Rufus）也在推动一项提案，计划将新加入的意大利公民分配到三十五个投票部落中。
马略很可能是这一提议的主要推动者，同时也为自己争取第七次执政官职位，并以此与苏尔皮基乌斯的其他投票改革结合，建立长久的政治基础。
苏尔皮基乌斯的提案在广场上引发了巨大骚动，导致一场暴乱，其中执政官苏拉被迫避难于马略家中，双方达成妥协，允许投票法案通过，苏拉得以准备东征。