普雷韦扎战役结束后的下一年，也就是1539 年，海雷丁·巴巴罗萨占领了爱奥尼亚海和爱琴海几乎所有剩余的基督教前哨。
在1539年夏天，海雷丁占领了斯基亚索斯岛（Skiathos）、斯基罗斯岛（Skyros）、安德罗斯岛（Andros）和塞里福斯岛（Serifos），并从西班牙人手中夺回了卡斯特尔努沃（castelnuovo），西班牙人在普雷韦扎战役（battle of preveza）后曾将其占领。
他还占领了附近的里桑堡（castle of Risan），并与锡南·雷伊斯一起进攻了威尼斯的卡塔罗堡（cattaro）和位于佩萨罗（pesaro）附近的西班牙圣维内兰达堡（Santa Veneranda）。
威尼斯最终在1540年10月与苏莱曼大帝签署了和平条约，同意承认奥斯曼帝国的领土扩张，并支付30万杜卡特金币。
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在1540年9月，查理五世皇帝联系了海雷丁·巴巴罗萨，邀请他担任他的首席海军将领以及西班牙在北非的领土统治者，但巴巴罗萨拒绝了这个提议。
皇帝很愤怒。
查理五世次决定消除巴尔巴里海盗的威胁——大多数人都是在海雷丁·巴巴罗萨训练出来的。
奥鲁奇和海雷丁建立的阿尔及尔王国成为西班牙侧面的难以忍受的刺痛。
来自北非的海盗袭击者，自海雷丁·巴巴罗萨（barbarossa）1535年离开后，完全没有消停过。
海盗们在海雷丁·巴巴罗萨的继任者哈桑手下，对基督教势力的战争以无尽恶意继续着。
皇帝决定，解决这一问题的唯一办法是直击其核心——阿尔及尔。
尽管他在1519年未能攻下这座城市，但现在他要报仇。
在1540年的整个冬天，他让西班牙和那不勒斯的造船厂准备一支巨大的舰队的不停劳作。
这支舰队将比安德烈亚·多利亚所率领的舰队还要庞大，而后者在海雷丁·巴巴罗萨面前可谓惨败。
不幸的是，皇帝犯了一个毁掉上一次海军远征的相同错误——他出航的时间太晚。
直到十月，来自西班牙、热那亚、教皇领地和那不勒斯的所有舰船才在马略卡岛的帕尔马（palma）集结。
围绕在皇帝和国王身边的崇拜氛围使他们相信，只要他们亲自到场，计划就不会出错！
尽管安德烈亚·多利亚多次抗议，皇帝坚持认为此时出动军队攻打阿尔及尔不会太晚。
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1541年10月19日，一支超过五百艘船只的舰队——已经受到巨风的影响——摇摇晃晃地驶入阿尔及尔湾。
其中有超过一百艘装载着来自德国和意大利的帝国部队的西班牙帆船，还有来自那不勒斯和西西里的运输船，所有的西班牙骑士则乘坐两百艘战船，并由五十艘战舰护航。
在这些西班牙将领中，埃尔南·科尔特斯（hernando cortes）——墨西哥征服者，也在其中。
估计约有两万五千名士兵登上了这支准备进攻阿尔及尔的庞大舰队。
四天后，所有部队都已上岸。
看起来，安德烈亚·多利亚对阿尔及尔海岸天气的悲观预测将被证明是错误的。
阳光明媚，海面平静，一切似乎都为成功的战役做好了准备。
当地的部队，柏柏尔人和摩尔人，在压倒性力量面前匆忙撤退。
几乎没有遭到抵抗，这支伟大的侵略军开始向城市进发。
对哈桑而言，这似乎意味着他的统治即将结束，而他在海雷丁·巴巴罗萨手中获得的所有权利将注定落于基督教徒之手。
正如海雷丁的兄弟奥鲁奇在二十三年前于特莱姆森（tlemcen）附近那条孤独山谷中失去的一样。
登陆一天后，城市在北侧以外的所有方向都被围困。
大炮都已部署完毕，帝国部队和他们的统治者感到信心满满。
认为终于能够将阿尔及尔的“癌症”从北非切除。
第一次攻击定于10月24日的早晨进行，届时火药、炮弹及其他物资应该已经以足够的数量装船完成，以便发起进攻。
但这次，与普雷韦扎时的安德烈亚·多利亚不同，皇帝的运气不好。
在23日的夜晚，典型的秋季暴雨来袭。
一股冷空气从地中海迅速吹来，倾盆大雨冲刷着城市后面的山脉，使海岸变成了一片泥泞的沼泽。
10月24日的早晨，军队受到狂风和寒冷雨水的侵扰。
火药被浸湿，火绳几乎无法保护，更别说点燃。
原本应是伟大攻击开始的日子，军队却陷入了被动防守的困境。
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哈桑和他的土耳其军队从受到威胁的城市冲了出来，将侵犯者击退。
意大利部队因天气因素而士气低落，率先撤退。
随后德国和西班牙的军队也紧随其后。
唯独那些不屈不挠的马耳他骑士，他们为这次远征提供了一支舰队和一支步队，拒绝在敌人面前溃逃。
他们选择了一如既往的荣誉行动。
如果他们在攻城的话，必定会最先冲入缺口，但如今——既然军队在撤退——他们便成为了殿后。
正如莱恩·普尔（Lane poole）在《巴巴里海盗》（the barbary corsairs）中所写：“马耳他骑士最后离去，他们的红色外套如新鲜的伤口般闪亮，面朝敌人，掩护了撤退。”
确实，这一天的灾难对于皇帝来说证明了一个在战争中早已众所周知的事实——人数不是最重要的，而是纪律、训练和士气。
只有马耳他骑士在帝国军队的狼狈撤退中获得了信誉。
摩根（morgan）在他的《阿尔及尔史》（history of Algiers）中提到：“每当发生小冲突或战斗时，尤其是在那场被土耳其人谈论至今的着名交锋中，马耳他骑士们集结成团，击溃了一支强大的土耳其军队，甚至到达了贝布·阿祖恩（beb-Azoun）城门，将他们的匕首插在门上，哈桑·阿嘎（hassan Aga）本人便以最大的努力去平息那场混乱……”
哈桑在他的土耳其军队的带领下迫使骑士们撤退，但并没有投降。
他们一路抵抗，挡住了哈桑骑兵的进攻，从而给其他军队争取了时间，撤回到设定的位置。
查理五世、他的参谋和部分部队在俯瞰海面和卸货点的山坡上就位。
最终，在这漫长而艰苦的一天结束时，皇帝和他的骑兵一起下山去支援他们英勇的后卫。
哈桑的军队撤回了，但马耳他骑士却损失了大部分。
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风速迅速达到狂风级，猛烈袭击停泊的舰队和严酷的阿尔及尔海岸。
风向从北转向东北，翻滚的海浪带着来自六百多英里外热那亚湾（Gulf of Genoa）的海水袭来。
航行的战船在狂风的侵袭下拖曳着沉重的上部结构、高耸的桅杆和笨重的帆杆。
有些船勉强驶离岸边，但大多数则无力移动。
一个接一个，它们与邻近的船只相撞，或者被拖拽着的锚困在拍打着的岩石上。
这是历史上最严重的海上灾难之一。
在10月25日的整夜和第二天的早晨，有140艘帆船在阿尔及尔海岸遭遇不幸。
这场狂风猛烈到在几个世纪后的阿尔及尔，仍被称为“查理的狂风”（charles’s Gale）。
哈桑和他的土耳其军队、本地的柏柏尔人，以及来自西班牙的流亡摩尔人没有浪费这个机会。
他们扑向那些摇摇欲坠上岸的士兵和水手，残忍地将他们屠杀。
“随着光线的增强，场面显得愈发可怕。
海湾中的船只要么断了缆绳，要么失去了锚位，在海上漂浮，互相碰撞，粉身碎骨，要么冲上岸，在岩石和沙滩上翻覆。
所有绕过阿波罗岬（promontory of Apollo）的船只也遭遇了同样的命运……
乡村的摩尔人看到这种毁灭后，蜂拥到海边。
当那些可怜的人们试图上岸，想要回到营地时，他们被那些无情的非洲人（无论男女）残忍地剥得一丝不挂，用长矛刺穿。”
“愿你的旨意成就”（thy will be done）——据说这是查理五世在俯瞰他破碎的舰队和毁灭的军队时所说的话。
撤退命令被下达，前往位于阿尔及尔以东约二十英里的马蒂富湾（bay of matifou），在那里安德烈亚·多里亚率领的舰队残余在风暴平息后成功重聚。
士气低落的军队被刺骨的暴雨鞭打着，受到哈桑和他的土耳其军队以及所有当地无组织部队的持续攻击。
即便他们重新登上船只，痛苦并未结束，因为又一股北风袭来。
舰队再次在海岸上四散。
当皇帝和他受损的海军在11月底最终回到西班牙时，他们已经损失了8000名士兵、300名西班牙贵族军官、无数的战舰和150艘帆船。
西班牙军队在此之前未曾遭遇如此巨大的灾难，直到查理五世的儿子菲利普二世（philip II）派遣的无敌舰队（Armada）对英格兰的出征。
正如朱里安·德·拉·格拉维埃（Jurien de la Graviere）所说：“非洲的气候显然不适合骑士的壮举。”
查理此次远征的代价惨重，却为未来几个世纪奠定了阿尔及尔王国（Kingdom of Algiers）的安全。
海雷丁·巴巴罗萨对奥斯曼帝国的贡献注定成为整个欧洲的一个刺痛，直到十九世纪。
然而，每当欧洲统治者考虑对巴巴里海盗采取联合行动时，那个可怕灾难的记忆也随之浮现，那是战神在穆斯林一方显现的时刻，仿佛“他一吹气，他们便四散。”
在阿尔及尔，奴隶市场供大于求，后来土耳其人常常将1541年称为“基督徒一个洋葱一头出售的时代。”