少年侦探队来到男同学家里了解了情况后，慢慢地跟着线索知道了男同学哥哥被谁绑了，可他们去告诉值班警察，警察却不相信他们的话，他们只能自己去救男同学的哥哥。
在这个过程中，柯南怀疑绑架男同学哥哥的那群人就是组织的人。
一辆车上。
Gin冷冷开口:“是吗？那个家伙还是下落不明啊？”
伏特加:“对不起，大哥，我们已经用尽了所有的方法了，不过他还是不肯相信。”
Gin:“没想到那个家伙竟然会从那里失踪，呵……既然没有找到尸体，就表示她还没有死，总之要尽快把她找出来，让她在为我们做事。
要是那个家伙把组织的事情说出去就糟了，当然了，她是生是死就无所谓了……”
正在开车的安藤泽也不动声色地通过后视镜看了一眼Gin，握住方向盘的手紧了又紧。
也不知道Sherry是死是活，如果她还活着，那就别再出现了，永远地远离组织吧……
………
柯南震惊地说:“什么？！你说他们几个跑到报社里面去了？！”
警察:“对啊，他们说一定会找到证据的。”
柯南生气地往报社跑去。
报社里。
吉田步美担心地说:“元太，快回去了啦……要是有人来会生气的。 ”
小岛元太不耐烦地说:“你很烦耶！要回去的话，你自己一个人回去吧！”
柯南刚跑到门口就听见小岛元太的声音，正当他的手要触碰到门把手时，身后有人拿着枪抵住他的后脑勺。
男人:“侦探游戏到此为止了，小弟弟。”
屋内，圆谷光彦找到一叠钞票，然后叫其他人看:“你们几个快看这个！”
吉田步美惊讶道:“有好多1万块的钞票哦！”
小岛元太高兴道:“太棒了，有这么多钱！可以买鳗鱼饭，买一二三……”
圆谷光彦语气有点疑惑:“不过说来奇怪，这些1万块的钞票上面都少了福泽谕吉的左眼耶！”
门口传来一个女人的声音:“这跟不倒翁一样，愿望实现的时候才能画上两眼，一切就等那些伪钞制作完成了。”
小岛元太:“你们到底是谁啊？”
黑帽女人:“来看看兄弟重逢这感人的一幕吧！”
“俊也！”
“哥哥！”俊也冲上前却被黑帽女人旁边的男人抓住。
小岛元太愤怒地说:“你们快点把它给放开！”
吉田步美正想告诉柯南，被另一个男人抓住，圆谷光彦和小岛元太立马缠住男人。
黑帽女人冷冷地说:“都给我安静！你们好像不知道这是什么东西吧？”
俊也哥哥:“我求求你，不要对这些孩子下手！要不然……要不然我不会帮你们忙的！”
黑帽女人:“你放心，你那个弟弟我们会留到最后再解决的，你就给我把那个小女孩儿带到这来吧。”
步美挣脱着，俊也哥哥问黑帽女人到底想干什么，黑帽女人只是回了一句:“我只是想要让你工作的进度能够更快而已，他们一个接着一个地死了你也比较有心工作吧。”
步美害怕地喊出柯南的名字，黑帽女人说他已经死了，光彦和元太都不相信黑帽女人说的。
…………
正当黑帽女人将枪抵着步美的额头时，有东西把枪弄到了地上，黑帽女人震惊地看向门口问是谁。
门被缓缓打开，柯南倚在门框:“你说这跟不倒翁一样，别笑死人了，福泽谕吉之所以会少了左眼，根本只是因为你们画肖像的那个家伙受伤了。”
黑帽女人:“什么？”
柯南:“对吧？那个手臂用绷带吊着的男人，就是原本帮你们画伪钞的人，你们看他在伪钞就要完成之际突然受伤了就匆忙的找了俊也的哥哥来取代他的工作。
你在展览会上相中了他的绘画技巧，甜言蜜语把他骗了出来，然后把他关在这里。印刷机旁边的那个绘画颜料，还有桌上那罐放了磁性铁粉的容器，
从你们准备的这些东西看来你们这次还想用在机器上，只要通过伪超辨识机的那关，这些肉眼无法辨识真伪的伪钞，在银行、游乐园、小钢珠店这些地方就可以帮你们换到大量的现金。
就算东窗事发，到时候你们早就不知道躲到哪里去逍遥了，没错吧？戴黑帽的这位大姐。”
………
最后柯南用颜料桶撂倒了两个男人，正当黑帽女人要去拿地上的枪时，灰原抢先拿起枪对准黑帽女人身后的窗户开枪。
黑帽女人被吓地瘫坐在地，少年侦探队的人都懵逼地看着灰原。
警察来了之后，柯南本想逼黑帽女人说出幕后组织，可是黑帽女人却听不懂柯南在说什么，柯南才明白是他搞错了。
………
由于目暮警官知道枪是灰原开的，便凶了她一句，灰原哭了后，目暮警官又连忙道歉，最后柯南因为顺路就负责送灰原回去。
路上。
柯南:“不要再哭了啦，你家就在这附近吧？”
灰原还是在哭，没有理柯南。
柯南以为那些人是组织的人才拼命追踪，没想到到头来空欢喜一场，现在还要送一个女孩回家，他感到了烦躁。
柯南停下脚步:“现在你可以自己回去了吧？”
灰原还是光哭不理柯南。
柯南只好尴尬地说了句:“那我们明天见了，明天学校见。”
柯南刚走没两步，灰原就停止哭泣开口:“Aptx4869。”
柯南停下脚步，侧头看着灰原:“啊？”
灰原:“这个你知道是什么吗？就是你吃的那种药的药名。”
柯南转过来面对灰原装傻:“你在说什么啊？我才没有吃过那种药呢。”
灰原转过身:“是吗？这个药名我是绝对不会弄错的，因为那是组织命令我……”
灰原停顿了一下:“由我亲自调制的药。”
柯南有些惊恐，但还是继续装傻:“组织？做药？哈哈哈……不会吧？你这个小孩能做什么？”
灰原:“我跟你一样，我也吃了那种药，在细胞的自我破坏程序式的偶发性作用之下，使得神经组织之外的骨骼、肌肉、内脏以至于毛发，所有的细胞都退化到成长过程的幼儿时期，这可是种神秘的毒药哦。”
柯南语气小心翼翼:“灰原……难道说你是……”
灰原:“我不叫灰原，Sherry。”
柯南一脸惊恐地看着灰原:“！？”
灰原继续说:“这才是我的密码名称，怎么样？没有想到吧？工藤新一……”
柯南:“那……这么说的话你是那些黑衣人的伙伴了！？”
灰原:“现在没有时间让你惊讶了，糊涂大侦探。”
柯南:“什么！？”
灰原踢了踢脚下的石子，提醒道:“我说过了，我现在住的地方就在米花镇二号街22号，对，我就住在你的老家隔壁。这样你该知道是哪里了吧？”
柯南想到了阿笠博士。
柯南:“难道说！？你住在阿笠博士家？！”
于是柯南尝试给阿笠博士打电话，但始终无人接听。
灰原:“没有用的，不管你怎么打都是电话中，只要话筒拿起来，它就永远不可能接到的，这是因为他已经……不在这个世界上。”
柯南愤怒地看着灰原，冲着灰原吼:“你到底对博士做了什么？！”
灰原冷笑一声:“博士不在的话，你很困扰，对不对啊？你那个小小的电话，功率增强的运动鞋，这些全都是阿笠博士做给你的对吧？
就因为有博士的帮忙，身体即使缩小了还是能做少年侦探，也就是说现在对工藤新一而言，唯一的生命线就是阿笠博士。”
柯南:“你就因为这样杀了他？！”
灰原:“你说呢？你要是担心就到博士家去看看啊。”
柯南立马往阿笠博士家赶去，灰原一脸玩味地看着柯南离开的背影。