在朱由检的数次直接过问之下，后军都督府与兵部之间又经过一番扯皮之后，双方达成了一些初步协议。首先，通州的军队编制还是保留着原来的营兵制，而不是像胡文霆先前负责的大名亲军卫那样，把它改成卫所编制。
（明初军卫法规定，一郡设所，连郡设卫。大抵以五千六百人为一卫，一千一百二十人为一千户所，一百十二人为一百户所，五十人为一总旗，十人为一小旗。一卫辖五个千户所，一个千户所辖十个百户所，一个百户所辖两个总旗，每个总旗设五个小旗。
全国军队均按此编制编入卫所，由小旗、总旗、百户、千户、卫指挥使逐级率领。卫所制度为明军的基本编制即成定制，无论是京、省驻军，还是皇帝、藩王的亲军、护军，均按卫所编制。
到了嘉靖年间，募兵的骑兵与步兵以及车兵开始拥有正式的编制——营哨制。一般是五人为一伍，二伍为什，三什为队，三队为哨，五哨为总，五总为营，每营的兵员为三千人。
有些军队中也会稍作变动，比如戚继光的蓟镇陆军编制，十二人为一队，三队为旗，三旗为局，四局为司，二司为部，三部为营，但人数也在三千人左右。营哨制是明朝中后期的主要军队编制形式。）
其次，由于朱由检在朝堂上已经明确表示，把通州的军队划入皇帝亲军序列，因此，后军都督府表示自己必须拥有通州军队的管辖权。
对此，负责同后军都督府进行协商的兵部侍郎王家彦，在稍微想了一下之后，就代表兵部爽快的答应了下来。
作为胡文霆的同盟者，王家彦心里很清楚，一旦通州的军队交由胡文霆负责之后，不仅由他自己全面承担了相关的养军费用，而且据他所知，胡文霆同朱由检之间的关系非同一般，因此，胡文霆对军队里面的一些人事安排，也是能够直接自行作主的。
换句话说，朝廷中的相关部门，几乎很难凭借手中掌握的资源，对胡文霆以及通州军进行拿捏，因此，也就不可能从中获得任何的好处。无论是想通过在拨付军饷或者物资的过程中吃些回扣，还是想借机往通州里面安排一些关系户，这些基本上都和他们无缘了。
因此，王家彦认为，只是一个名义上的管辖权而已，想来兵部的其他人员基本上也不会去争这么一个所谓的管辖权，于是，他在没有同其他人通气的情况下，就答应了后军都督府的要求。
而作为后军都督府来说，其手中的权利已经被兵部挤压得所剩无几了，因此，哪怕是一个名义上的管辖权也要努力争上一争。
再说了，说不定通过这个所谓的管辖权，还能同胡文霆搭上一些关系呢，毕竟胡文霆也是属于武将序列，和自己是属于同一阵营的。
最后，按照惯例，胡文霆还挂上了一个通州总兵的职衔，别人对他的雅称就可使用“大镇帅”或者“大将军”了。
当兵部以及后军都督府的相关工作人员把一切手续为妥，并把相关文书送到他府中之后，胡文霆就该去通州履行他的职责了。
让人感到有些哭笑不得的是，东林党那帮人在发现没能阻止胡文霆接管通州兵权之后，接着又打算在胡文霆上任的过程中使些绊子。
经过一番商议之后，他们居然提出由侯恂这个新上任的兵部侍郎，代表兵部同后军都督府的相关人员一起陪着胡文霆去通州，同时在通州军中宣布胡文霆的任职决定。
在这之前，王家彦已经向胡文霆进行过提醒，通州军可不比他自己一手组建的大名亲军卫，所有人员的来路以及关系都是比较简单的。
但这支军队里面，却有很大一批军官，是同朝廷中的方方面面都有着各种联系的。
简单的说，里面既有各方面势力安插过去的混资历的关系户，也有一些是为了充分掌握这支军队动向而安排过去的类似密探性质的人员。
王家彦提醒胡文霆在处理通州军队内部的事务时，一定要小心行事，遇到拿不准的事情时，可以及时同自己进行沟通。
胡文霆当时就不屑一顾的对王家彦说道：“少司马，哦，不，王叔，俗话说得好，吃人饭就得受人管，既然大家都已经同意了由我自掏腰包来供养这支军队，那么，里面所人员的去留也都得由我来决定。
各路大神在通州军内安插的人员，只要他们能听从我的命令，并且符合我制定的从军标准，我可以睁一只眼闭一只眼，让他们继续留在通州军内。
否则的话，就请他们另谋高就，我的钱可不会拿来养闲人，更不会养那些还打算给我添乱的人。”
对于胡文霆的行事作风已经有了一些了解的王家彦，在听了胡文霆的这一番话之后，只能苦笑着摇了摇头，并没有再对他进行劝阻。只是在心想到，这家伙到了通州之后，不知道又会捅出什么天大的篓子来。
其实，这种事情就算王家彦不对自己进行提醒，在后世也做到中高层官员的胡文霆，心里也是有数的，在后世许多福利较好的实权部门当中，又有哪一个少得了被安排进一批关系户呢。
但胡文霆却不会允许在通州军内存在这种现象，一来是他已经下定决心要逐步扭转大明军队中的那些歪风邪气，比如贪没军饷、谎报军功等等。
虽然他在一时半会之间，还无法直接把手伸到其他的军队当中，去干涉他们的行事，但对于自己直接管辖的军队，他还是有信心能把相应的措施推行下去的。
二来是他也有一个十分充分的理由，那就是通州军的军饷、军械提供都是由他自掏腰包来负责承担，凭着这点，胡文霆就能有充足的底气来对各路大神说不。
为了让自己新官上任之后三把火能顺利的烧起来，胡文霆在去往通州之前，也是做了一番准备的。
首先，他已经提前下令让原来范景文送给自己的那几名亲兵（目前都已经是副千户级别了），从回隆镇带了一千多全副武装的人员赶往通州，以备不时之需。
其次，他也向朱由检打过招呼，表示自己到时候肯定会对通州军进行一番整顿，其中有些做法可能会让人产生非议，让朱由检要有个心理准备。
而此时的朱由检已经把希望全部寄托在胡文霆身上，因此，在听了胡文霆的提醒之后，豪爽的对胡文霆说道：“老师既然我已经把通州军托付给您了，您就尽管放手去推行自己的一套管理模式好了，朝廷方面我会帮您做好善后工作的。”
当胡文霆随着兵部的侯恂以及后军都督府的一帮大员，风尘仆仆的来到通州军大营时，胡文霆从回隆镇调过来的人马也已经来到了通州大营附近。
当他们看到胡文霆来到时，马上上前向胡文霆进行了汇报，而胡文霆则让他们在通州大营外待命，一旦听到大营内传出自己的火铳声，则迅速的冲进大营内，完成对里面局势的控制。
当然了，回隆镇过来的这批人员是处于隐蔽状态的，因此，侯恂等人并没有发现有什么异常之处，依旧摆出一副朝廷大员的架式，大模大样的和胡文霆一起走进了通州军营。
等大营内的所有人员都集合完毕之后，侯恂代表朝廷发表了一番热情洋溢的讲话，其主要内容无非是，大家都是大明军队中的一员，一定要切实做到忠于陛下，报效朝廷，并通过不断在沙场上建功立业，来实现光宗耀祖、封妻荫子的伟大目标。
最后，侯恂代表朝廷宣布了胡文霆的任职决定。由于通州军中的很多基层军官都是或多或少的知道一些，之前胡文霆对通州军提供军饷以及军械一事，对胡文霆是抱有相当的好感的。
因此，在侯恂宣布了胡文霆任职决定之后，下面顿时发出了一声欢呼，并随着齐声喊起了“大将军！大将军！”胡文霆也微笑着朝他们挥了挥手，以示回应。
侯恂见到胡文霆居然能在通州军中拥有如此高的影响力，心里不免有些不是滋味，于是，他示意一帮随行人员把场面的鼓嗓声给制止住之后，又颇有深意的说了几句：“大家可要记住了，你们可不是某些人的私兵，而是堂堂的大明军队，你们要效忠的对象只能是陛下和朝廷。”
听到侯恂的这几话之后，下面顿时又响起了一片的嗡嗡声，许多人都开始交头接耳的相互议论起来，似乎在讨论朝廷上官为什么要在这种场合说这些话。
接着是胡文霆开始讲话，在胡文霆朝下面伸手示意让大家安静之后，绝大多数人都停止了讨论，抬眼看向胡文霆，静静的等待着他开口说话。
胡文霆清了清嗓子之后，微笑着开口说道：“从刚才大家的表现来看，范少司马训练出来的军队，果然是纪律严明，真正做到了令行禁止。
为了对大家平时的辛苦训练以及今天的优良表现进行表彰，我宣布将对所有经过调整之后，还能继续留在能通州军中的人员，额外加发一个月的军饷。”
听到胡文霆的这句话之后，下面又是一片叫好声，还有人更是喊出了“感谢大将军”的话语。而一旁的侯恂听到之后，脸上的表情更是难看到了极点。
胡文霆通过眼角的余光发现了侯恂的异常之后，于是又微笑着朝下面压了压手，示意大家安静，然后胡文霆接着说道：“刚才少司马说得很对，你们是大明的军队，而不是我胡文霆的私军，因此，你们不用感谢我个人，而是应该感谢我们英明的陛下才对。
是陛下在临行前特意向我进行了交待，让我要一定好好的善待通州军中的一帮兄弟们，绝不能让兄弟们流汗流血又流泪。让我们一起恭祝英明仁慈的大明陛下万岁！万岁！万万岁！”
在胡文霆的带头下，整个军营内又响起了山呼海啸般的喊声“大明陛下万岁！万岁！万万岁！”
胡文霆的这一番骚操作，顿时把侯恂给整得不会说话了，只好也跟着大家一起喊了几句。
在大家喊了一阵子口号之后，胡文霆又示意大家停了下来，然后接着说道：“在场的很多兄弟可能都对我有所了解，知道我既会在平时对兄弟们非常好，但是在训练时又会对大家要求非常严格。
所以呢，我今天在这里要先对军中的一小部份人上说上一句，从我接管通州军开始，我是不会在军中养任何一个闲人的，那些通过各种关系来到通州军中，指望在这里混上一些功劳的；或者说那些带着某些人的指令来到通州军中，想在军中干一些见不得人之事的人员。
趁今天兵部的主官也在这里，我劝这些人还是趁早主动提出离开我通州军，并随他们回京城去吧，也许你们背后的人，在这之后同样还能通过关系，帮你们再谋到一个好的去处。
否则的话，在今后的训练或考核中，再被我给刷下来，到那时候，大家的脸上可能都会不太好看。”
这时，下面又响起了一片窃窃私语声，不一会之后，就有以五六个人为首的大约一二百号人分开人群，径直往胡文霆等人面前走来，边走还边嘴里骂骂咧咧的。
胡文霆冷眼瞅了他们这伙人一会之后，已经大致判断出这些人可能就是自己刚才口中所说的关系户，于是就伸手做了一个手势，示意他们停步。
没想到，为首的几个人在看了胡文霆身旁的侯恂等人一眼之后，似乎得到了某种暗示，因此，并没有把胡文霆的制止手势当回事，而是继续有恃无恐的往前走来，场内的气氛顿时变得有些诡异起来，其他人也停止了窃窃私语，都把目光集中到这伙人以及胡文霆身上。
胡文霆身旁的亲兵们也是第一次遇到这种情况，一时间有些不知所措，只是握紧了手中的火铳，但并没有采取更进一步的行动。
胡文霆也不再废话，而是直接掏出了身上携带的短火铳，二话不说直接朝天开了一枪之后，才厉声对那伙人喝到：“止步，否则格杀勿论！”
胡文霆的十几名亲兵，在看到他的动作之后，随即也反应了过来，于是，纷纷把手中的火铳对准了试图靠近胡文霆的那伙人，一时间形势变得剑拔弩张起来。
那伙人在看到一片黑洞洞的枪口之后，总算是停住了脚步，不敢再往前走，不过有人就开始过起嘴瘾来，朝着胡文霆方向大声的嚷嚷道：“刚才少司马已经明确说了，通州军是大明的军队，不是你的私军，你有什么资格随意让人离开！”
还有人嘴里不干不净的骂道：“一个毛都没有长齐的幸进之辈，有什么资格在这里指手划脚的，连原来的范司马都对我们这些人礼让三分。你这些威风还是回家对自己的婆娘耍去吧。”
更有人高喊道：“就是啊，我们都来自勋贵家庭，在我们祖上为大明浴血拼杀的时候，别说是你这个小毛孩了，就连你的祖上都还不知道在哪个角落头猫着呢。
我们祖上用性命和鲜血，为子孙后代们换来稍微安逸一点的生活，这又有什么大不了的？”
胡文霆一直用冷眼看着那伙人，并没有开口说话，那伙人见胡文霆在一片骂声之下，居然没有做出任何反应，以为胡文霆是胆怯了，并不敢把他们怎么样，于是胆子就又逐渐开始变大了，一边口中嚷嚷着，一边开始继续往胡文霆跟前走去。