这几年大明北方天灾频发，山西也不可幸免，大量没有能力抵御天灾的农民破产，被迫沦为佃农，变成地主商人的附属，任由剥削。
山西大量优质土地被实力雄厚的地主收购持有，商业活动也被本地少数大商人所垄断。旱灾导致粮食减产，商人士绅又囤积居奇、哄抬物价，平民百姓的生活愈加艰难。
在朱由校掀起晋商案之前，山西的社会状况与大明北方大多数地方的情况差不多，都非常糟糕，几任当权者也无力施行大规模的改革来改变局势。
黄立极之前的几任山西巡抚也是依附魏忠贤的阉党，手下地方官员自然多为阉党。这些人花了大价钱从阉党手上买官上位，自然是要把钱赚回来，但他们不敢从地主士绅身上搜刮，那自然只能盘剥百姓。
一年又一年，一任接一任，山西百姓更是民不聊生，水深火热。农民百姓过不下去，在地主、商人和官府底下连苟且偷生都做不到了，走投无路之下只能铤而走险，偷盗抢劫，占山为王。
随后陕北爆发了大规模的农民起义，山西当地的百姓也群起响应，迅速形成了多支义军队伍。
山西多山，地形奇峻险要，起义军躲到山中与前来围剿的官兵周旋，官府一时之间也无法将他们彻底镇压剿灭，逐渐形成了晋西北和晋东南两片主要的义军活跃地域。
黄立极上任后才刚开始着手整治山西官场，晋商案就爆发了，使得黄立极手上掌握了巨量的资源，有了进行大规模社会变革的资本。
但黄立极的各项改革举措还未完全落实到位，没等到利民效果呈现出来的时候，就等到了王自用、王嘉胤招惹延绥镇边军，被迫东渡黄河逃入山西，与晋西北义军合流。山西的卫所官兵战力孱弱、屡战屡败，高迎祥等部又进犯晋西南，官军首尾不能相顾，黄立极也无能为力。
等到朝廷派遣大军入晋镇剿，在曹文诏、孙传庭、周遇吉的配合下，在临县一战大败义军，将盘踞在晋西北的义军驱逐到了晋南。
随后陕西义军与山西义军联合发动了潞安之战，企图凭借优势兵力将晋南的官府势力一举消灭，将晋南打造成根据地。可是遭到官军迎头痛击，被打得一败涂地，陕西义军渡过黄河逃入河南，山西义军只能躲藏在晋东南的太行山脉中苟延残喘。
得益于晋商案的巨大影响以及各路义军在晋东南、晋西南、晋西北的秋风扫落叶，山西地方上的大量顽固势力被铲除。义军被驱逐后，朝廷的影响力成功深入到山西各处，盘踞在晋中一带的士绅地主独木难支，不得不向以黄立极为首的代表朝廷的官府屈服，并寻求合作。
由于山西北部是边关，时常受到蒙元威胁，所以晋北的几个卫所与大明内地的卫所相比起来还是颇具战力的。后来宣大军李邦华为了组建专业火器部队，用七千有实战经验的老兵换走了山西的几乎所有火器。
晋北的镇西卫、振武卫及太原三卫和宣大军的七千老兵就成为了晋绥军组建的基本盘。
孙传庭从陕西韩城县回来后，开始着手准备剿灭山西的各路义军。
随着时间的推移，黄立极在山西的各项改革措施逐渐显示出卓越的成效。他倡导廉洁、公正和透明的治理方式，严厉打击贪污腐败行为，建立起严格的监督机制，使得整个官场风气发生了显着的转变。
百姓们的生活迅速好转，感受到官府的变化，对未来有了希望，也就不再像之前那样热衷于上山造反当贼，而是积极投身到正常的生产和生活中去。
于是，孙传庭决定剿抚并重，一方面派军封锁太行山各处险要，切断山中义军的补给来源，另一方面到处张贴告示，将官府政策广而告之，并挑选当地百姓上山劝诱亲人回家。
这一招着实还是有点效果的，许多义军小卒听闻风声后纷纷下山逃回家，一见果真如此便留在家中不再上山。有些下山的跑到官府或者军营告知山上情况，官府也直接赦免他们的罪名，遣返归家。
消息在山中传开，各路义军内部出现了巨大的动摇。
有些小支义军每天都有人跑掉，很快就原地自行解散了。有些义军发生内讧，通天柱、掌世王两人就因为内斗被手下所杀，手下拿着他们的人头直接下山到官府拿了悬赏就回家。
虽然这种方式耗时漫长，但不需要耗费士兵的血汗生命去攀山攻坚，孙传庭也非常乐见其成的。
不过有时候老天爷也会给人开点玩笑。
山西官府接纳了大量从陕西逃难过来的流民，而山西的义军中还有不少陕西籍的义兵，一些流民就会偷摸上山寻亲，投奔义军。然而，这时候的陕西爆发了瘟疫，随着流民传播到山西，又随之传播到山中的义军身上。
在山下，官府早早收到了皇帝的圣旨和朝廷的指示，齐心协力组织抗疫，病人有大夫郎中诊断、有药物治疗，进行隔离阻断，道路有官兵封锁，很快就把疫区控制在山西南部，没有大规模传播到山西其他地方。
而山中的义军天天生活在一起、挤在一起，细菌病毒滋生，各种交叉感染，天气一转暖，疫病立刻就集中爆发开来。在山上缺乏治疗，缺乏药物，而鼠疫一旦感染，发病极快，死亡率极高。
一时间许多发病之人纷纷逃离义军队伍，跑下山寻求医治，但很多都没撑住发病死在了半道上，那一段时间，平顺县和壶关县一带的山道上时不时就可以看到紫黑发臭的尸体。
而那些成功活着下了山的人则是被送到隔离营寨进行隔离治疗。接着越来越多义军走出太行山向官军投降，并乞求得到治疗，无一例外全都被送去隔离。
眼见山中瘟疫肆虐如此严重，孙传庭也不敢让属下官兵进山围剿，便全都停在山下等着义军出来投降。直到一个月后再也没见到有人从山中出来，便找来之前投降的义兵带路，带着锄头、铁锹和石灰上山，将死在山路上的尸体挖坑洒上石灰然后掩埋。
最后在引导下找到义军营寨，却发现外面静悄悄一片，没有一个人影，攀上墙头打开寨门才发现里面的人早已病发死去，整座寨子臭气熏天，蝇虫弥漫。
无奈之下，官兵只能一把火把寨子连同腐烂发臭的尸体一起点燃烧掉。
后面再找到了其他几个山寨，有些已人去寨空，有些已经自行放火焚毁，有些也如前面的寨子一样全部死于瘟疫之手。
终于，山西义军或降、或逃、或死于瘟疫，全都自行溃散，至此山西民乱基本平定。
于是，孙传庭率晋绥军进入陕西。