孔子在列国周游14年。晚年最终回到鲁国，回到家的孔子继续从事教育及整理文献工作。这一年冬天，孔子的儿子孔鲤去世。孔鲤是孔子的独子，想当年孔子夫人诞下一子。正巧这时鲁昭公送来一尾鲤鱼。于是就此得名孔鲤，姓子，孔氏，名鲤，字伯鱼，孔鲤先孔子而亡，孔鲤之妻于夫死后改嫁。孔鲤一生虽无建树，但他尊礼守纪，胸襟豁达，留下了“孔鲤过庭”的典故，“伯鱼”一词也被后世用作对别人儿子的美称。
孔鲤不像他父亲的学生那么有才华。纵观整个论语，孔鲤出现的次数比较少。而在相关的文献中，也几乎没有孔子对他儿子学业上的夸赞。相反，却常常向国君推荐他的优秀弟子。
孔鲤是个胸襟豁达的人。作为孔丘的儿子，自己比不过他的师兄弟，从来就不会嫉妒他的师兄弟，也决不埋怨自己父亲的一视同仁。
相传，一次孔鲤对孔汲说：“你父不如我父。”对孔子说“你子不如我子。”这也说明他是一个乐天派，看到了别人的短处以及自己的长处。他懂得用自己的优点跟别人的短处相比，说明他在思想上是一个懂得变通的人。孔鲤比孔子先故，一生无建树，终年50岁。孔子在他六十九岁的时候失去了自己的独子，悲痛可想而知。但他遵循丧葬礼仪，他儿子死时“有棺无椁”。
孔子一向主张复古尊礼，尽管他痛失爱子，但是对儿子依然“有棺无椁”，这是圣人的忘情、执着之处。到了第二年，孔子的得意弟子颜回也死了。因为他家里很穷，安葬的时候只有棺，同在孔子门下求学的颜回的父亲颜路于心不忍，就劝孔圣人变卖他的马车给弟子买椁。孔子断然答道：“（虽然颜渊和鲤）一个有才一个无才，但各自都是自己的儿子。孔鲤死的时候，也是有棺无椁。我没有卖掉自己的车子步行而给他买椁。自己曾经担任过大夫的官，有不可步行的礼的规定。因为孔鲤是至圣之子，述圣之父，故被宋徽宗封为“泗水侯”，孔氏子孙尊为“二世祖”。
孔子还没有失去独子以及学生的悲痛中走出来，孔子他的另一得意门生子路死于卫国内乱，而且还被剁成肉酱。经过这一系列打击后，孔子知道自己时日不多。第2年他的弟子子贡来见孔子，孔子柱杖依于门前遥遥相望。他责问子贡为何那么晚来见自己。于是叹息说泰山将要坍塌了，梁柱将要腐朽折断了，哲人将要如同草木一样枯萎腐烂了。孔子流下了眼泪，说：“天下无道已经很久很久了，没有人肯采纳自己的主张。自己的主张不可能实现了。夏朝的人死时在东阶殡殓，周朝的人死时在西阶殡殓，殷商的人死时在两个楹柱之间。昨天黄昏梦见自己坐在两楹之间祭奠，自己的祖先就是殷商人啊。
鲁哀公十六年二月十一日（公元前479年4月11日），孔子患病不愈而卒，终年七十三岁，葬于鲁城北泗水岸边。
孔子卒后，不少弟子为之守墓三年，唯独子贡为孔子守墓六年。弟子及鲁国人从墓而家者上百家，得名孔里。孔子的故居改为庙堂，受到人们的奉祀。孔子创立了以仁为核心的道德学说，他自己也是一个很善良的人，富有同情心，乐于助人，待人真诚、宽厚。“己所不欲，勿施于人”、“君子成人之美，不成人之恶”、“躬自厚而薄责于人”等等，都是他的做人准则。“吾十有五而志于学，三十而立，四十而不惑，五十而知天命，六十而耳顺，七十而从心所欲，不逾矩。”这是孔子对自己一生各阶段的总结。
孔子的仁说，体现了人道精神。孔子的礼说，则体现了礼制精神，即现代意义上的秩序和制度。人道主义这是人类永恒的主题，对于任何社会，任何时代，任何一个政府都是适用的，而秩序和制度社会则是建立人类文明社会的基本要求。孔子的这种人道主义和秩序精神是中国古代社会政治思想的精华。孔子的政治思想核心内容是“礼”与“仁”，在治国的方略上，他主张“为政以德”，用道德和礼教来治理国家是最高尚的治国之道。这种治国方略也叫“德治”或“礼治”。这种方略把德、礼施之于民，严格遵循等级制，把贵族和庶民截然划分为治者与被治者，打破了贵族和庶民间原有的一条重要界限。
后世很多名着经典都有孔子的故事，就比如：《史记》记载，一日孔子乘着一辆马车周游列国来到一个地方，见有一孩子用土围成了一座“城”，坐在里面。孔子就问：“你看见马车为什么不躲开呀？”
那孩子回答：“人们说您孔老先生上晓天文，下知地理，中通人情。可是，今天我见您却并不怎么样。因为自古到今，只听说车子躲避城，哪有城躲避车子的道理呢？”
孔子愣了一下，问：“你叫什么名字？”孩子答道：“我叫项橐。”孔子为了挽回面子，就想出了一连串问题来为难项橐，但是都被项橐巧妙地化解了。孔子觉得这孩子知识渊博，连自己也辩不过他，只得长叹一声，俯下身子和蔼地对项橐说：“后生可畏，我当拜你为师。”回头对弟子们讲：“三人行必有我师，要不耻下问。”
南宋大儒王应麟编写的《三字经》劝诸后生说：“昔仲尼，师项橐，古圣贤，尚勤学。”盖出于此。
孔子早年做过图书管理员。他深知文献着作的重要性。于是孔子在68岁返回鲁国，开始整理图书典籍。尤其是在晚年，主要精力是用在校勘、整理典籍方面。孔子是中国最早的图书整理者，相传他整理《诗经》《尚书》等文献，并把鲁史官所记《春秋》加以删修，成为中国第一部编年体的历史着作。
孔子在整理文献中，创立了揭示文献“为之作序”“言其作意”的目录学方法。为《诗》《书》作序，或附于书后，或临于书首，或另出单行，这在揭示文献的内容上起重要作用。孔子整理图书所定的《六艺》，对汉代刘向、刘歆父子在《别录》《七略》书目分类上产生了极大的影响。孔子通过国家的藏书，了解了虞、夏、商、周四代的典章制度和历史。[36]他所收藏的图书主要有《诗》《书》《礼》《乐》《春秋》等。《公羊解诂》载孔子“使子夏等十四人救周史记，得百二十国宝书”，说明在编定《六经》时，广泛搜集各国典籍。故后，“所居堂弟子内，后世因庙藏孔子衣冠、琴、车、书”，
由于孔子的主张和思想。很符合统治者的意思。所以说每一代封建王朝的君主都会对孔子进行封赐，从汉朝汉武帝开始。百家争鸣，独尊儒术。以后想当官，你就必须学四书五经。所以说孔子的地位那是水涨船高。到隋朝进行了科举制考的就是四书五经也就是儒家的那些思想和主张以儒治国。然后一直到清朝，最后到民国孔子的封号是大成至圣先师，
孔子去世之后。他剩余的弟子将他生前说的一些话。以及所做的事，还有他的思想，编辑成了论语，儒家从那时开始逐渐有了雏形，一直到后面的形成了四书五经，四书分别是论语，大学，中庸，孟子，五经分别是，诗经，春秋，尚书，周易，礼记，当然不光是孔子所说的话以及思想，他的家乡曲阜。在后世一直都是读书人的圣地。在全国各地都有孔庙这可见孔圣人在后世的读书人眼里是何等的地位古代的皇帝每个都很尊敬孔圣人。没办法，谁叫人家的思想还有教派利于统治，腐蚀人心更好的统治下面的读书人以及愚昧无知的百姓呢，