李自成在得知满达海逃跑后，决定撤军，掉头支援九江。
走之前，他吩咐士兵炸毁了满达海留在山上的红夷大炮和山谷间的盾车，防止满清士兵再来争夺，威胁荆州。
之前，洪承畴响应济尔哈朗的战略，率领水路大军，共计十万兵马，从南京出发，逆流而上，攻取九江。
袁宗第则按照李自成的指示，放弃了九江周围小的州县，集中兵力防守九江城。
洪承畴大军很容易地拿下了彭泽，紧接着又攻下了距离九江很近的湖口和小池口等地。
随后，洪承畴率领大军从梅家洲登岸，实现了对九江城水上、陆上的全面包围。
袁宗第不敢出门迎战，专心布置城池防守。
洪承畴在城外，并没有采用传统的攻城方式，他没有搭建云梯，让士兵拼死登城。
具有丰富攻城、守城经验的他，采用了最稳妥的攻城方式。
他命令士兵在九江城下挖掘地道，想要将地道挖到城墙下，炸毁城墙的地基，从而摧毁城墙。
城内的袁宗第站在城墙不断观察着城下的满清部队，他们只往城上打炮，并不派遣士兵攻城。
观察了几日，袁宗第知道事出蹊跷，以他之前的守城经验，他推测出洪承畴可能在挖掘地道炸城。
他命人搬出了事先储备好的大缸，并要求士兵将这些大缸围着城墙，每隔一段距离在土里埋一个大缸，将缸口留在地面。
之后，他又并命人找来了城内的瞎子，每个瞎子负责探听一口大缸。
瞎子对声音敏感，普通人听不到的地下挖掘声，都逃不出他们的耳朵。
又过了几日，瞎子果然传来了喜讯，他们已经探听出满清士兵挖掘地道达方位。
袁宗第收到消息后，立刻找来士兵沿着瞎子所指的方向，开始朝城外方向挖掘地道。
城内大顺士兵挖掘了几日之后，突然觉着前面的土有松动，轻轻一铲下去，面前的土瞬时坍塌，露出了一个更大的更宽阔的地道。
而且随着地道的贯通，面前也出现了荷枪实弹的满清士兵。
大顺士兵刚刚还在专心挖掘地道，对于突然出现的满清士兵并无防备，突然被迎面的鸟铳一枪射死。
紧接着，满清更多的鸟铳手射击完成，全部射杀了在地道内的大顺士兵。
原来，这一次，洪承畴也有提前准备。
他派人已经探听出，城内的大顺士兵也在朝城外挖掘地道。
因此，在快要挖到城墙下时，洪承畴下令士兵组成了敢死队，扔掉了挖地道的铲子，全部换上了鸟铳，并带上了大量的炸药，进入了地道。
满清士兵发现了大顺士兵后，立刻开枪，将地道内的士兵全部射杀。
之后，他们来到城墙下的一段地道，将火药放置好，直接点燃了火药。
此时，袁宗第在城内焦急地等待着地下的消息。
他先是听到了地道中几声鸟铳的闷响，紧接着，就是一声巨响。
一时间，天崩地裂，城墙下的地基被炸坏，城墙立刻坍塌了下来。
袁宗第知道大事不好，立刻命令城内的士兵增援被炸塌的城墙处。
城外的洪承畴见到城墙出现了坍塌，他立刻下令所有士兵朝着坍塌处的城墙冲去。
满清士兵如潮水一般涌向了城墙坍塌处。
袁宗第几乎调集了全城所有的兵马都来到了城墙缺口处，派士兵站成了一道道的人墙，以血肉之躯阻止满清士兵的涌入。
城外，满清士兵顶着大顺军猛烈的炮火，不断向缺口处冲杀。
然而，满清人数毕竟占绝对优势，一批满清士兵倒下，又立刻冲上来一批士兵补上。
城内的大顺军士兵逐渐抵挡不住，被满清士兵涌入了城中。
袁宗第率领士兵，誓死不降，与洪承畴的大军在九江城内开始了巷战。
中国古代由于城池中守兵缺少高楼大厦的掩护，以及缺乏远程打击武器，很少进行巷战。
如果城门或者城墙已经被攻破，那么守军一般都会放弃防守。
被攻破城池后，仍然坚持巷战的案例少之又少。
......
此时，李自成所率领的大军还在路上。
为了加快进度，李自成将大军分成了两路，征集了很多民船，两路大军水路并进，奔九江而去、
当李自成抵达九江城时，城内已经被打成了一片废墟。
从城门缺口看去，地上满是士兵的尸体。
满清与大顺士兵的尸体交织躺倒在地上，铺满了地面。
此时，洪承畴的大军已经不见了踪影，城内袁宗第的两万兵马，只剩下了两、三千人。
原来在与满清的战争开始前，李自成已经向台湾的郑成功发出了命令，让他择日出兵，逆流而上，进攻南京，逼洪承畴撤军。
就在洪承畴进攻九江的最后关头，洪承畴收到了南京已经被大顺水军包围的急报。
他经过再三权衡还是决定暂时退出九江，回救南京。
以他现在的兵力，九江和南京只能保住一处，显然南京的战略地位要比九江高的多。
下定决心后，他立刻率领大军撤出了只剩下一丝血的九江。
郑成功随后收到了洪承畴回救南京的消息，也按照李自成之前的指示从南京撤走，又回到了台湾。
济尔哈朗发动的这一次对大顺军的战役，最终随着洪承畴从九江的撤军而结束。
战争开始前，满清派出了三路大军，共计三十五万兵马，气势汹汹要拿下武昌。
结果，济尔哈朗一路大军完全被李自成消灭，尼堪被斩杀，孔有德投降。
满达海一路大军也被大顺军重创，灰溜溜跑回了四川。
反而洪承畴一路，以较小的损失攻入了九江城，只是由于南京收到大顺水军的威胁，不得以而撤退。
大顺军这边损失也很大，九江城被攻破，死伤了一万多兵马，李自成的骑兵部队也因被满达海埋伏损失了近两万多兵马。
不过总的来说，大顺还是取得了战略性的胜利，成功粉碎了满清鞑子想要剿灭大顺军的野心。
此次战役，相当于满清对大明的萨尔浒之战，从此大顺军对满清开始由守势转成了攻势。