刘一忠世代行医，与师弟李世仁一起经营江浙一带最有名的医馆。他医术精湛，只要病人尚有一丝气息，他就可以用祖传秘方治愈，因此，被百姓称为华佗再世。
华佗以毕生心血着了一本《青囊经》，而刘一忠的师祖与华佗交好，原稿被其收藏且一代代传了下来。刘一忠的高超医术与这本医书息息相关却极少有人知晓。
刘一忠有个女儿名叫刘倩，她母亲怀孕时体弱多病，靠刘一忠精心配制的药物勉强支撑到生下刘倩，终因精气耗损过多去世。刘一忠极其疼爱刘倩，从小就给她吃各种奇珍异草滋补，还请来名师教她琴棋书画，甚至宠爱到每天早上漱口的水都有专门的瓷瓶盛放。
靖康二年，金人大举南侵，宋朝奋起抵抗，江浙一带是两军交战之地，开战以来士兵平民死伤无数。刘一忠本着救国抗敌之心，无偿医治士兵和百姓。
这时，刘倩已经长成了大姑娘。这天，她带着丫鬟去庙里进香，路上碰到一个赶考的秀才，边走路边吟诗词。刘倩觉得此人将来必成大器。便主动上前搭话。秀才名叫赵天飞，一番交谈之后，两人都惊叹对方的才华非凡，真有相见恨晚之情。
两人走到一个转弯路口，迎面突然冲出一匹战马，马上的人大喊：“快闪开，紧急军情，挡路者死!”战马速度极快，眨眼间就到了眼前。赵天飞奋力把吓得愣住的刘倩推开，自己却被撞出五六米远，当场吐血不省人事。刘倩慌忙使人将赵天飞抬回家医治。
刘一忠一听女儿的救命恩人受了重伤，便急忙为其医治。一摸脉象，他大惊失色，赵天飞的五脏六腑均已破裂。实难医治。刘倩流着泪恳求道：“爹爹，求你救救他吧!”刘一忠想了想说：“只有用祖传秘方才能救他。”当下转身出去配药。刘倩听到赵天飞还有救，心情好了许多，低头一看更是破涕为笑。原来自己的泪水滴了赵天飞一脸，就连他的嘴里也滴进了不少，她害羞地为他擦拭干净。
刘一忠刚配好药。一队金兵就闯入府中。为首一人抱拳道：“是刘大夫吗?”刘一忠冷冷回答道：“是!得罪你们金人了吗?!”那人解释道：“先生言重了，我是哈赤将军，特奉大金王节之命请先生为我军将士治病。”“哼!我只为宋人医病，不为侵略者疗伤!”刘一忠义正辞严地回绝。哈赤并不恼怒，一挥手有人押着两个人来到眼前，刘一忠一瞧急忙喊道：“快放开他们!”
被抓的人是师弟李世仁与他的儿子李政。哈赤发话了：“先生只管放心前去治病。几天后一定把他们送回。”刘一忠无奈之下只好答应。
临走前刘一忠嘱咐女儿：“把我配的药给赵天飞煎服。等我回来给他吃最后一剂药即可痊愈。”
为了表弟和侄子的安全，也为了尽快回家，刘一忠尽心为将士治病。将士们的伤恢复得很快，王爷非常高兴，于是便宴请刘一忠等人。
酒过三巡，刘一忠说：“王爷,将士们的伤已无大碍，请求你放我们回家。”王爷哈哈一笑说：“何不继续留在这里呢?我决不会亏待你的。”
刘一忠当即拒绝：“草民无福享受荣华富贵，只求放我们回去。”王爷随即变了脸：“只要你把《青囊经》留下，我马上放你们走!”
刘一忠大吃一惊，金人怎么知道自己有《青囊经》，如果此书被金人抢去后果不堪设想，他想也没想就拒绝了。王爷勃然大怒：“这本经书会令我大金攻宋变得更加艰难，既然得不到就把它毁了。把三人拉出去斩首!”
金兵将三人押出帐外挥起大刀准备行刑。三人把眼一闭听天由命。
这时，军营大乱，喊杀声震天，原来是宋军偷袭军营。三人趁乱挣脱并打倒卫兵，抢到三匹马后冲向营外。
他们刚跑出不远就被发现了，立马有人骑马追来。三人的骑马技术怎能与士兵相比，距离越来越短眼看就要被追上。这时，李世仁大喊：“大哥，经书不能失传，李政交给你了!”说完便抽出大刀拨马回头向追兵;中去。刘一忠想阻拦已经来不及了，看着他砍倒一个金兵后就被另一名金兵砍翻马下。
李世仁这一阻拦给了两人宝贵的逃跑时间，刘一忠含泪领着李政冲出了军营。
回到家中，刘一忠先去看望女儿，她正和赵天飞练习书法。在给赵天飞把完脉后，李一忠心中十分诧异：自己还未给他服用最后一剂药，怎么就痊愈了?
刘倩感激赵天飞救了自己。比起这些年来一直追求自己，只知名利的李政强多了。她对赵天飞已经萌生爱意，作为父亲怎能不知爱女的心意。李政在一旁也瞧出端倪，甚是不悦。
第二天，一队官差闯进了家门，不由分说把刘一忠抓进县衙。县令一拍惊堂木大声呵斥：“大胆刘一忠。你竟敢投敌卖国给金人治病!”他百般辩解也无济于事，最后吃了一顿板子被拖进了大牢。
李政来看望被打得血肉模糊的刘一忠，痛心地说：“没想到刚逃出金人的魔掌又掉进了虎口，此次凶多吉少，您把《青囊经》传给我吧，这样总不至于失传。”一番话使刘一忠警觉起来，问他想干什么，李政嘿嘿一笑，冷冷地说：“我也不瞒你了，是我告密说你通敌。我与父亲这些年为壮大家业做的贡献最大，可你就是因为手中有经书一直做老大。原本我想娶到刘倩你就会传给我，要怪就怪你女儿不接受我偏偏喜欢穷秀才，我也只好先下手为强了!之后我就投靠金国，荣华富贵享用不尽了，哈哈……”
刘一忠气得直哆嗦，骂道：“你个畜生，我死也不给!”
“那你就去死吧!”李政拿出药瓶捏开他的嘴巴灌了进去。“这是慢性毒药，一天后发作，到时我就是家里的老大!”说完大笑而去。
赵天飞带着刘倩花重金买通县令把刘一忠救了出来。浑身伤痕的刘一忠嘱咐赵天飞：“我活不了多久了，你有情有义，我把女儿托付给你。”刘倩哭着说：“爹，咱家有祖传经书，一定会治好你的。”刘一忠苦笑一下说：“傻孩子，经书只能治伤不能解毒。现在我把《青囊经》传给你们死而无憾了。”
在他们说话时谁也没有注意到窗外有人影一闪。
刘一忠拿出经书郑重对两人说：“我告诉你们除了经书外还有一个不为人知的重要秘密。”随后在两人耳旁讲起来，…，，
天刚黑，李政就带着一队金兵冲入屋中。刘一忠怒斥：“你这个卖国求荣的家伙竟然投靠金人!你爹在九泉之下不会瞑目的!”
“谁说我死了!”一个熟悉的声音响起，来人正是李世仁，在他身边的是被捆着的刘倩和赵天飞。
李世仁得意地说道：“为金兵治病的事是我们早就设计好的，要不然你怎么会拿出经书。”说完他从赵天飞身上搜出了经书，可怜的刘一忠又急又气一口气没上来就此归西。
草草葬了刘一忠后，赵天飞和刘倩被押到了金国军营。
王爷非常高兴，找到经书胜算大增，于是重重奖赏了李世仁父子，并许诺等攻下大宋封官赏地。
接下来几天两军展开了
几场恶战，双方损兵折将死伤无数。赵天飞是一万个不乐意给金人治伤，但李世仁扣了刘倩作要挟，他也只好按照经书上的药方给将士们治伤。
又过了七天，金国大军倾巢而出，宋军也全力迎敌，生死大战终于开始了。当战鼓擂响，金兵蜂拥向宋军冲来。敌众我寡，宋军士气显然不足。还未交锋就露出了怯相。李世仁在后方得意地瞧着战场，心中早就盘算着以后的荣华富贵。
两军士兵冲杀在一起，王爷在马上指挥战斗，威风八面。但瞧着瞧着，他的脸色变得十分凝重，脸上渗出了冷汗。开始时金国士兵仗着人多占据上风，但是对决片刻后几名金兵竟敌不过一名宋兵。宋军见此士气大振，金兵节节败退，到后来直接弃刀逃跑。宋军一路追杀，砍瓜切菜般杀得金军七零八落……
王爷带着几十名残兵败将逃向北方，李世仁父子由于穿着金兵服饰遭了殃。李世仁被砍得奄奄一息，李政当场被砍死。相反赵天飞与刘倩因为身着宋人服饰，被当做金兵抓来做饭的平民而幸免于难。
两人来到李世仁面前。向着家乡方向喊道：“爹爹。我们终于为你报仇了!”李世仁不甘心地喊道：“不可能，不可能败的，为什么士兵伤好了却如此不堪一击?”赵天飞说：“那是因为你那天只偷听了一半，岳父临死前悄悄告诉我们经书上的药方只可治愈七成，另外三成需最后一剂特殊的药——忠义扶正散。岳父自从刘倩降生后就秘密配制忠义扶正散连同其他滋补药给她吃。她的体内逐渐富集药性，在她的唾液或泪液里也就含有这剂药。这就是为什么岳父从来不当面配最后一剂药而是每天把她的漱口水存起来的原因，这一切都是为了防止你们看出端倪。那些士兵表面上与常人无异，但没有最后一剂药在战斗中即可看出力量、耐力均与正常士兵差一大截，所以他们一击即溃。”
李世仁还有疑惑：“你们骗人，为什么你受伤时没吃这一剂药就全好了?”刘倩接过去说：“那是因为他受伤时我心中难过流泪，眼泪滴进他的嘴里，等于他提前吃了忠义扶正散。”
李世仁淡然笑道：“你们厉害j我输得心服口服……”说完这句话头一歪死去了。
赵天飞与刘倩重新安葬好刘一忠后，带着全部家当投奔了岳飞将军的军队。凭着《青囊经》及忠义扶正散，他们协助岳飞一次次击败金军，立下了汗马功劳。