直田进患有听觉障碍。
松尾警部在直田进住所里面找到几瓶药物，没有收音机和电视，抽屉里的日记本和手机里的短信内容也再次验证了这一方面。
他听不到小钢珠店里嘈杂的音乐，听不到女友邻居房东打招呼的声音，自然也听不到毛利小五郎小心背后车辆的示警。
在被车撞倒后，直田进向站在路边的侦探道出自己杀人的事实，他那个时候并没有耍任何花招。
柯南当时问直田进杀了谁，他回答他杀了南初美奈。第二个问题是南初美奈住址，直田进闭上了眼睛，没有回答。紧接着的第三个问题是在哪里杀了她，柯南听不到生命最后一刻直田进说的话，只能读唇语。
只是没有想到，直田进患有听力障碍，与人的交流方式也是读唇语。所以根本就没有第三个问题，直田进的回答是对第二个问题的。当时他已经闭上眼睛，没有办法读出第三个问题，死亡后也不能跳出来纠正。
正确的逻辑应该是，直田进在16点30分打完小钢珠，接到闹别扭的女友南初美奈打来的电话，然后走出小钢珠店。
没有在小钢珠店接听电话，并不是因为里面的噪音，而是根本没有必要。他又听不到，南初美奈也知道，所以约在了直田进的住所见面。
直田进把小钢珠换成礼品再换成钱后，走回附近的住所，然后与等在那里的南初美奈发生矛盾，情急之下掐住了她脖子。
和他交往好几年的南初美奈知道直田进是个样子货，虽然因为性别和体型差距打不过他，但是还是从他手上活了下来。
直田进听不到用嘴呼吸的细微声音，脸上被抓了好几道印子的他看到南初美奈口吐白沫、两眼翻白，也不会再将手放在颈动脉加重自己杀人的恐惧。
于是钥匙、手机、钱包都没有拿，门也不关的匆忙逃窜，跑了一两条街就在毛利侦探事务所楼下被车撞了。
之后缓过来的南初美奈立刻拿着车钥匙开车逃了回去，车程是二十分钟，将车停到公寓楼下，之后被第二个“凶手”杀害。
松尾警部结合现场情况，还原出橗山公寓的案发情况，将趁租客不在家用备用钥匙进屋偷私密东西的房东抓捕归案。
之前一直都被死去自认为是凶手的直田进误导了，将最大的嫌疑人忽略。房东表现的太过奇怪，没等到柯南和毛利小五郎踹门就现身拿钥匙开门；对租客的生活超出正常社交范围的了解；支支吾吾地站在门后等待问话和观察搜查四系的调查情况。
南初美奈刚进屋还没洗手，躲在屋里的房东怕被发现就掐死了她。对于房东来说，单个租客搬走的事小，事情曝光后这栋公寓的房子都没有租客才是大事。
然而还没有来得及处理尸体，就被两个人间死神追到了门口，侦探和警员的注视下再去洗手那是不打自招。
但凡再过一天，以房东的身份便利，就可以让南初美奈彻底消失在米花町。租客突然认清了眼前的苟且，想去远方寻求另一种生活方式，房东不管对谁都可以说的通。
奈何时机不对，房东都准备认罪寻求减轻处罚，但听到跟事实相距甚远的推理。于是怀着侥幸心理，想凭着对南初美奈以及直田进的了解将杀人的罪名安在直田进头上。
dNA检测系统终于派上了用场，南初美奈的指甲里检测出来直田进的血液以及表皮细胞，还有一种衣服纤维。
松尾警部让鉴识课的人提取了房东指甲里的皮肤碎屑，并将房东的衣服与检测出的纤维做对，以夯实证据链。
没等结果出来，心情大起大落、再起再落的房东表示经不起这个折腾，直接认罪，跪在地上痛哭流涕地悔过。
……
又解决了一个案子，柯南长舒一口气，米花町可多亏有他这个名侦探。
“直田进用了20分钟只跑了两条街，大概就是因为他绕路了吧。那个时候目暮警部送少年侦探团的警车停在五丁目的路口。”
柯南感叹这届犯人心理素质不行，“话说你是怎么知道他有病的？车祸的时候，我们是站在一起的吧。”
灰原哀：“我父母都是医生，我平时做的最多的事情就是观察小白鼠。”
“啊。”柯南没想到这个小女孩平时生活那么孤单，怪不得喜欢给人捣乱，还怪可怜的，他堂堂高中生侦探就不和她一般见识。
真话加真话等于假话。
灰原哀口中的小白鼠又不是她父母的小白鼠，而是她自己实验室的，尤其是那几只用药缩小后被她处理掉的。
要是知道她这么说，幕后功臣犯泽先生要躲在角落里掉小珍珠了。拿着用手机拍的照片到处问人方向、找到直田进住址的活，可都是他干的。
“你读过直田进的书吗？就是最近得到市场认可的那本推理小说。”灰原哀说着，也不等待柯南回答，便轻轻晃动下手里的智能手机，“我刚才读过。”
“书中的主角是一个继承爷爷钟表店的女侦探，也继承了一种额外的业务，帮助人制造或者推翻不在场证明。书中第一个案子是以这位女钟表师的感慨作为终结。
错位的指针可以归位，不在场证明终会回归到事实真相，如果拨动指针就能够逆转时间的洪流，那该有多好。”
灰原哀若有所指，“江户川同学，你查案的样子就像一个名侦探，该不会？”
柯南：“你少看这种三流小说家写的推理小说啦！怎么可能有人会忤逆时间，我们应该相信科学。我给你推荐几位本格派的推理小说家，看他们的书。”
“不说这些了，我觉得还是有必要找找我们少年侦探团的其他人都在哪里，他们真的会乖乖回家吗？别忘了我们一开始来找毛利侦探是因为什么。”
“应该……会吧！”柯南越说越不确定。