第一阶段剧情的最后，主角在探索的过程中不断发现更多虫族猖獗活动的痕迹，并听从指挥官的命令不断探索。但在调查某个可疑地点的时候，主角的小队突然遇到了大量的虫族，仓皇之间想要撤退，但虫海已经将他们完全包围。
主角的小队在激烈的战斗之后，终于杀出一条路，与前来接应的小队会和，但就在这时，地底下突然毫无征兆地钻出来一条沙虫，一下子咬住主角的左臂，将他拖入了地底。
主角跟自己的小队失散了，等回过神来的时候，他已经来到了地底的洞穴中，这里是虫族的巢穴之一。
而从这里开始，游戏则是进入了第二阶段的剧情。
主角使用防护服的潜行能力小心翼翼地在虫族的巢穴中寻找出口，游戏的玩法也从FPS变成了潜行为主、射击为辅，只有在小部分不被发现的情况下才能开枪消灭敌人。
主角在虫族巢穴中要避开那些强大的虫族，同时还要不断地找寻出口，在这期间内，他所有的补给都来自于跟他差不多的被拖入虫族巢穴的人类战士。
这些人就不像罗舟这样好运了，他们基本上都没能逃出虫族的巢穴，虫族把他们的尸体残骸啃食殆尽后，破烂的防护服、护甲板、能源块等等，就全都堆积在了巢穴中。
每隔一段距离，罗舟都能找到一些虫族的垃圾堆，在里面可以找到一些能废物利用的补给品，以此维持自己防护服的能源和子弹的补给。
在第二阶段，玩家基本上是处于完全孤立无援的状态。跟外界的通讯被切断，也无法很好地确定如何离开虫族巢穴，物资极度匮乏，而且虫族的数量完全超乎想象。
在这个阶段，游戏难度稍有提升，但并没有提升到很高的程度。没有了队友的支援，主角必须自己解决所有的麻烦，这可能会让玩家们回忆起队友的好；即使拿到了资源也无法换成物资，想要获得补给只能去翻垃圾堆，不管是子弹还是能源都必须特别节省；见到虫族也不能无脑开枪，而是要根据敌人的特点决定是要暗杀、射杀还是避开。
第二段剧情是类似于传统迷宫的构造，玩家可以自由选择路线，但最终还是会走到正确的路线上去。在成功逃离虫族巢穴之后，主角成功跟小队恢复了联络，得知虫族大军正在源源不断地发动进攻，只有找到巢穴中脑虫的位置才能遏制虫族大军。
于是主角再度返回虫族巢穴，最终炸死了藏身在地底的脑虫，非常惊险地逃出生天。
这次事件之后，主角和小队成员受到表彰，继续执行任务。
时间一晃来到数年之后，在这段时间内，人类不断地扩展实际的控制范围，同时拆解零件修复飞船和建造行星发动机的任务也在不断地向前推进。
再次从军营中走出来，罗舟抬头就能看到远处正在建造的行星发动机，那是一座一万多米的巨大山峰，离得很远就能看到。这是第一批修建的行星发动机，到目前为止只是搭起了一个大框架，能够看到无数的小型飞船正在围着它不断忙碌。
即使是这种级别的工程，人类的进度也很快，毕竟是在跟死神争分夺秒。随着游戏进程的推进，每次玩家看向行星发动机的时候都会诧异地发现它好像又完工了一小部分。
主角因为之前摧毁虫族巢穴的优异表现而得到指挥官的赏识，甚至能够直接面对星际火种计划的最终负责人——最高执政官，从那里直接领取一些极为特殊的任务。
这次主角领到了一个让他有些诧异的任务，他要跟其他士兵一起协助进行星际飞船的修复工作，并警惕意外的发生。
修复星际飞船的议案从最开始就在讨论中，但直到现在才开始着手进行。所谓“修复”，无非是把完好的飞船零件拼凑一下，拆东墙补西墙，补出小部分能够正常运行的星际战舰。因为人类目前的科技尚不足以生产那些星际飞船的核心关键部件。
之所以这个议案到现在才着手进行，是因为在高层中始终存在着分歧和争议。罗舟从最高执政官处得知，虽然表面上看起来高层就星际火种计划达成了一致，开始全力发展重聚变技术、修建行星发动机，但私下里反对的声音一直都有。
在执行任务的过程中，罗舟通过窃听、搜集资料的方式，大概搞清楚了事情的全貌。
现在的高层已经分裂为飞船派、中立派和行星派三个派系。
目前，中立派暂时站在行星派，也就是最高执政官这边，飞船派的人数最少。但飞船派中有大量的高级军官、技术精英，虽然暂时没有什么非分之想，但可能产生的破坏力却是不容小觑的。
而这些人之所以坚定选择飞船派，理由也看似很充分：“行星发动机是以全人类命运为赌注的一场豪赌，一旦失败人类将会万劫不复。作为人类的精英，他们理应首先撤离，而不应该在这里冒无谓的风险。”
飞船派的人在数年的政治运作无果后，已经把在密谋抢夺飞船，进行叛逃。
在游戏的这个阶段，玩家的主要活动区域是在损坏的舰队区域。大量的工程师在对飞船进行拆解、修复，罗舟这些士兵们则是负责巡逻、站岗，表面上是在警惕虫族的威胁，实际上是为了防范飞船派的人。
在第一批飞船成功修复之后，行星发动机附近突然发现虫族活动的痕迹，士兵们被紧急征召前往迎战虫族，罗舟则是按照指挥官的指示继续保护飞船。飞船派果然发动叛乱想要抢夺飞船，主角所在的小队跟叛军激烈交火，最终在共同努力之下，成功击败叛军，粉碎了飞船派的计划。
这次的战斗内容是一次比较长的电影化流程，全都是在星际战舰所在的场景进行的。
在星际战舰外，严禁大型作战武器进入禁区，但还是有大量的叛军通过种种方式混了进来。这些叛军的目的就是夺取星际战舰叛逃，罗舟的小队和其他战士们在星际战舰内部跟叛军激烈交火，并最终将他们全都消灭。
不过在战斗的最后，恼羞成怒的叛军孤注一掷，使用了特殊的生化武器，虽然战斗最终结束了，但罗舟和很多士兵都遭受重创。
执政官决定让这批战士进入冬眠，并通过机械义肢等新技术修复他们的身体，让他们在未来的某个时间再度复活。
虽然这次成功瓦解了飞船派的图谋，但执政官意识到这很可能只是一次试探，真正的飞船派组织隐藏得一定很深，在未来还有可能会卷土重来。所以，他在暗地里给这批冬眠的战士一份特殊的使命，就是在自己死后，也能保证星际火种计划可以顺利地推行下去。
第三阶段的内容到此为止，这个阶段算是剧情前半段的一个小高潮，电影化流程能够最大限度地激发玩家的情绪，各种大场面的营造让玩家的肾上腺素激增。在战斗中，穷凶极恶的叛军、队友负伤、爆炸和混乱的场景，等等这些元素都可以很好地调动玩家的情绪，让第二阶段被压抑的情绪得以释放。
第四阶段的内容，是罗舟冬眠结束后的剧情。
自从主角冬眠之后已经过去了数十年，等他从冬眠中苏醒过来之后，整个人类世界已经发生了天翻地覆的变化。
在冬眠中心服务人员的引导下，罗舟领到新的防护服，去军营报道。离开冬眠中心之后罗舟才发现，原来现在人类已经转入了地底，外面的世界也已经发生了翻天覆地的变化。
原本的执政官已经死去，现在的新任执政官不论是手腕还是能力都要略逊一筹，表面上风平浪静，实际上高层的局势已经是乱成一团。
罗舟原本的队员只有一名跟他一同冬眠、一同苏醒，其他的队员或者是病死，或者是老死，或者是在和虫族的战斗中死去，都已经离开了人世。
不过罗舟很快就被分配了新的队员，作为一名曾经立下过不朽功勋的军士长，罗舟在军营中受到了极大的尊重。
这方面在游戏中有非常直观的提现：军营中的所有人都对罗舟毕恭毕敬，而且在商人那边购物也可以享受很不错的折扣。
而后，罗舟恢复了士兵的身份，再度率领自己的小队出发前往地表进行探索工作。
回到地表之后，罗舟才发现原本熟悉的场景已经发生了翻天覆地的变化。
一万多米的行星发动机早已经完全建成，以前还只是一个空架子，现在已经变成了一座硕大的钢铁山峰，还在喷射着蓝色的粒子尾焰，强烈的光亮让周围的区域永远都是白天。
原本红褐色的荒原已经变成了白茫茫的雪原，其实严格来说那并不是雪，而是二氧化碳在极冷条件下凝结成的干冰，环境已经陷入绝对的严寒。
在行星发动机附近温度会高很多，如果在行星发动机脚下的话，即使防护服破损或者能源耗尽也不会被冻死，顶多是冻伤，但如果离行星发动机比较远的话，那么防护服的恒温系统失去能源就意味着死路一条。
第四阶段的游戏内容，跟第一阶段有些类似，同样是半开放世界的玩法。
罗舟和自己的小队在茫茫雪原上执行任务，比如解救被困的运输车队、到一些非常偏远的地方去围剿残存的虫族、在厚厚的冰层下面寻找可以废物利用的资源，等等。
在行星发动机启动的过程中，星球的地壳还是发生了一些震动，许多大型矿场坍塌，也有一些虫族挖掘出来的巢穴发生了塌陷。这些地方还有一些可供利用的资源，但已经很难去搜寻，只有罗舟这样的小分队才会去寻找。
通过第一阶段和第四阶段场景的对比，玩家会产生一种恍如隔世之感。罗舟在执行任务的时候还能依稀认出数十年前跟虫族战斗过的地方，还在某个废墟下面发现了自己曾经驾驶过的机甲残骸。但时过境迁，曾经多到让人恶心的虫族，现在也只是在苟延残喘，遇到虫族的概率下降了很多。
但这也并不意味着虫族已经毫无威胁，它们反而更加学会了隐藏自己，而且在这数十年的进化中，它们又获得了一些专门针对人类武器的特长，甚至诞生了很多种新型的虫族。
相比第一阶段而言，虽然第四阶段同样是半开放世界的游戏玩法，但难度提升了很多。虫族的实力更强、出现了不少新兵种；玩家在荒野中能够搜刮到的资源变得更少了；环境更加恶劣，永远处于温度极低的状态，一旦防护服破损或者能源用尽，就可能会有生命危险。
除了虫族之外，玩家还有可能遭遇叛军的袭击，这些叛军对罗舟都是欲除之而后快，敌人的情况变得更加复杂。
随着任务线的推进，玩家也慢慢知道了现在的大背景。
为了让星球获得足够的速度，最高执政官决定使用引力弹弓的方针，利用NGC-X-3进行加速。但这毫无疑问是一场豪赌，一旦失败，星球将会跟NGC-X-3相撞，人类将迎来灭顶之灾。
在这种紧要关头，已经蛰伏数十年的飞船派，再度蠢蠢欲动起来。
之前飞船派抢夺飞船的行动显然只是一次投机，真正的飞船派首脑潜藏在高层中伺机而动，他们并没有无所事事，在这数十年中，他们一直在秘密发展飞船派的成员，为接下来的计划做准备。
至于飞船派的理由也非常充分，他们依旧认为引力弹弓所带来的风险是完全不可控的，一旦失败，人类文明将迎来灭顶之灾。所以，这些自诩精英的飞船派更加迫切地要夺取星际飞船，立刻逃离这颗星球，延续人类的火种。
而这次对于飞船派来说已经是最后的机会，很多飞船派的核心成员已经完全丧失了理智，这次的叛乱将会直接决定着人类的未来。
在一次调查中罗舟偶然发现，飞船派已经渗透到了军队中的高层，他们甚至将目标瞄准了行星发动机，妄图破坏行星发动机引发混乱，从而夺取星际飞船。